你的房屋在农村一般属于集体土地，虽然法律对于集体土地房屋价值评估这方面没有进行明确的规定，但是这只是因为新法还未修改，对于集体土地调查这方面，可以参照国有土地的590号令，其中第9条规定，对于已经登记的房屋，其性质、用途和建筑面积，一般以房屋权属证书和房屋登记簿的记载为准......。第15条规定，房屋征收部门应当对房屋征收范围内房屋的权属、区位、用途、建筑面积等情况组织调查登记，被征收人应当予以配合。因此对您房屋征收时面积的确定是要经过调查程序的，而面积一般指的是建筑面积。而您这种情况只是实际使用面积与房产证面积存在差异，当然应该是按照房产证上的面积进行补偿，除非有证据能够推翻房产证上关于实际面积的记载。另外在对您的房屋进行测量、调查时，您要注意测量人员是否有相关资质，如果您觉得测量的结果有问题，也可以要求对方进行解释说明，虽然集体土地征收最后出具的调查评估报告可能不如国有土地的详细，但是对于评估的结果有异议的，您还是可以通过复核、复议、诉讼等方式进行维权。
