因为您的房屋是祖产，而且翻建也是在1996年的时候，由于历史原因当时并没有关于登记的相关规定，也就不能以现在的法律去否定您房屋的合法性，因此首先可以告诉您的是，您对房屋是有所有权的，征收部门不能以无证房违建的标准对您进行安置补偿。列下来告诉您如果您的房屋处在集体土地，那么不只是主屋可以获得补偿，参照《土地管理法》、《土地管理法实施条例》等规定进行征收，补偿内容包括：征地补偿费、安置补助费、地上附着物的补偿以及青苗的补偿。您所说的主屋只是对房屋进行补偿，但是按规定，征用土地的，按照被征用土地的原用途给予补偿，也就是说宅基地是可以获得补偿的，只不过这部分是先统一给到村集体，再由村集体进行分配。此外如果您家有种植农作物、果树等还在生长尚未收获，对此应该给予青苗补偿费，且这部分补偿是直接给到您手里的，不过需要记住，对于在征地告知之后抢栽、抢种、抢建的地上附着物和青苗的，征地时一律不予补偿。
