当事人信息
上诉人（原审被告、反诉原告）：仕达融资担保有限公司，住所地北京市东城区东直门外大街42号13层1301。
法定代表人：张冠伟，董事长。
委托诉讼代理人：孙良，男，仕达融资担保有限公司职员，住北京市朝阳区。
委托诉讼代理人：贾强，北京德和衡（济南）律师事务所 律师。
被上诉人（原审原告、反诉被告）：中国新兴建设开发有限责任公司，住所地北京市海淀区太平路44号。
法定代表人：马健峰，董事长。
委托诉讼代理人：姜小燕，北京大成律师事务所 律师。
审理经过
上诉人仕达融资担保有限公司（以下简称仕达公司）因与被上诉人中国新兴建设开发有限责任公司（以下简称新兴公司）保证合同纠纷一案，不服北京市海淀区人民法院（2019）京0108民初50521号民事判决，向本院提起上诉。本院于2021年7月19日立案后，依法组成合议庭进行了审理。本案现已审理终结。
上诉人诉称
仕达公司上诉请求：撤销一审民事判决第四项，改判新兴公司向仕达公司支付担保费152828.7元及违约金90826.1元。事实和理由：一审法院认定仕达公司计收担保费的基数为固定数额，并以仕达公司未举证证明向新兴公司送达过补交担保费的通知为由，未支持仕达公司要求新兴公司补交担保费及违约金的反诉请求，显属错误。在一审庭审过程中，一审法院追加北京新通致远房地产开发有限公司（以下简称新通公司）到庭，并根据仕达公司申请向北京市通州住房和城乡建设委员会调取证据《工程竣工验收备案表》[编号：0350通竣2014（建）0031号]，仕达公司据此了解到涉诉工程的主合同金额（实际担保金额）变更为16465万元，主合同开工时间为2011年10月10日、竣工验收时间为2014年1月14日。根据《委托保证合同》中关于担保费计算的约定，新兴公司应当再向仕达公司补交担保费152828.7元以及违约金90826.1元。由于新通公司到庭之前仕达公司无法明确知晓上述担保金额以及主合同工期变更的信息，无法向新兴公司送达补交保费的通知，故在一审庭审过程向新兴公司提出补交担保费并支付违约金的反诉请求。
被上诉人辩称
新兴公司辩称，仕达公司对担保费的基数理解错误，根据双方签订的《委托保证合同》第二、四、五条等相关条款约定，新兴公司缴纳担保费的基数是保函金额，保函金额是根据新兴公司与建设单位即新通公司签订的施工总承包合同金额的10％确定，为11971774.6元，系固定数额。仕达公司主张根据建设工程结算价款计收担保费，没有合同依据。因新兴公司不需要支付担保费，故亦无需支付迟延缴费违约金。综上，一审判决认定事实清楚，适用法律正确，证据确实充分，应予维持。
一审原告诉称
新兴公司向一审法院起诉请求：1.仕达公司向新兴公司返还反担保金3588532.38元及利息（以3588532.38元为基数，按照中国人民银行同期贷款基准利率计算，自2013年11月25日起计算至款项实际付清之日止）、违约金即反担保金的20％为717706.48元；2.仕达公司承担本案全部诉讼费用。
一审被告辩称
仕达公司向一审法院反诉请求：1.新兴公司向仕达公司补交担保费152828.7元（实际担保金额16465000元*0.6％每年*3年-已付143541.3元）；2.新兴公司向仕达公司支付未支付补交担保费而产生的违约金（以152828.7元为计算基数，自2014年7月14日起算，按照日万分之三标准，计算至实际付清之日止）；3.新兴公司向仕达公司支付延迟缴纳保证金产生的违约金（其中，以1544266.19元为计算基数，自2012年7月31日至2012年8月10日，按照日万分之一标准计算；自2012年8月11日至2012年8月20日，按照日万分之二标准计算；自2012年8月21日至2013年1月8日，按照日万分之三标准计算。以1544266.19元为计算基数，自2012年10月15日至2012年10月24日，按照日万分之一标准计算；自2012年10月25日至2012年11月4日，按照日万分之二标准计算；自2012年11月5日至2013年3月27日，按照日万分之三标准计算）；4.本案的诉讼费用由新兴公司承担。
一审法院查明
一审法院认定事实：2011年10月20日，甲方新通公司与乙方新兴公司、丙方仕达公司签订合作协议，主要内容约定：鉴于甲乙双方拟就北京市通州区梨园镇砖厂村居住项目159、167地块项目分别签订合同文件，现丙方接受乙方委托，同意为乙方为上述两个地块履约担保事宜以保证方式向甲方提供全程履约担保。关于159地块的履约担保事宜，乙丙双方已签订委托保证合同，该地块项目在甲乙双方签署保修合同后进入保修期，保修期由丙方就乙方向甲方提交保修担保，保修担保的担保金额不低于项目结算金额的10％，保修担保年费率为担保金额的0.6％，保证金为担保金额的50％。乙方提交甲方认可的保修保函是甲方支付最后一笔工程款的前提条件。
2011年11月3日，新兴公司（甲方、委托保证人）与仕达公司（乙方、保证人）签订《委托保证合同》[编号：京履（2011）第019号]，约定：鉴于甲方与新通公司（以下简称建设单位）就北京市通州区梨园镇砖厂村居住项目159地块项目签订的《施工总承包合同文件》（以下简称主合同），乙方接受甲方的委托，同意为甲方以保证方式向建设单位提供履约担保。甲乙双方经协商一致，特订立本合同。第一条保证范围，全程履约保函的担保范围：乙方在保函金额内赔偿因甲方未完全履行主合同约定的义务给建设单位造成的直接经济损失。第二条保证金额，保函金额为主合同金额的10％，共计11971774.6元。第三条保证方式及保证期间：1.乙方保证的方式为连带责任保证。2.自保函签发之日起至主合同约定的竣工验收后的180个日历天（含第180个日历天）止。3.若甲方与建设单位变更工程竣工日期的，经乙方书面同意后，保证期间按照变更后的竣工日期做相应调整。第五条担保费及支付方式：1.担保费率根据担保金额、担保风险等因素确定，甲方向乙方交纳保费，是乙方为上述全程履约保函提供保证担保的必要条件。2.双方确定的担保年费率为担保金额的0.6％，担保期限超过一年的：（1）不足六个月的，按半年期计收担保费；（2）超过六个月但不满一年的，按一年期计收担保费。3.该项目159地块的担保费暂按2年收取，共计143541.3元，担保费甲方应该在保函出具前一次性交付乙方。4.若甲方与建设单位变更工程竣工日期的，甲方应自收到乙方书面通知后的3日内补缴相应的保费。第六条反担保保证金：（1）该项目159地块建设期保证金为担保金额的30％共计3588532.38元，保证金按以下方式分三次支付：（a）保函出具前甲方应一次性支付乙方50万元作为反担保保证金。（b）施工至10层时，建设单位向甲方支付工程款后5个工作日内一次性支付乙方1544266.19元作为反担保保证金。（c）施工至结构封顶时，建设单位向甲方支付工程款后5个工作日内一次性支付乙方1544266.19元反担保保证金。（d）若甲方未能按照本合同约定支付乙方保证金，则建设单位应在甲方履行缴纳保证金义务期限届满后10日内一次性直接支付乙方，并由甲方承担相应的违约金责任。违约金计算日期由甲方履行缴纳保证金义务之日开始至乙方收到保证金之日止。（2）在甲方取得了建设单位开具的工程建设期承包人义务完成证明，且与建设单位签署了《保修合同》后，甲方可以凭此两份文件向乙方申请调整保修保函金额。乙方在收到上述两个文件后3日内，按保修期保函金额的5％留足保修期保证金后，将建设期反担保保证金额无息退还给甲方；若建设期保证金不足抵交保修期保证金的，甲方应在收到乙方书面通知后2日内补缴。（3）保证金在甲方履行完毕主合同、保修合同约定的义务之前由乙方监管，甲方不得以任何理由要求支配该笔款项。第七条反担保保证金的返还：1.保证期间届满，甲方履行完毕主合同中规定的义务，未引起建设单位提出索赔的，则自甲方将《承包商履约保函》原件退还乙方并提交齐全乙方要求的资料（即“3.甲方退保时须同时提交以下资料”中所要求资料）之日7日内，乙方将反担保保证金全额退还甲方。2.保证期限届满，若甲方行为导致乙方履行保证责任或者按照本合同的约定应当承担违约责任的，乙方在承担保证责任、扣除相应的违约金后，将保证金余额退还甲方。3.甲方退保时须同时提交以下资料：（1）《承包商履约保函》原件；（2）建设单位向甲方开具承包人义务完成的书面证明；（3）乙方开给甲方的保证金资金往来的财务凭证。第十一条违约责任：1.甲、乙任何一方不履行或不完全履行本合同项下的义务的，应当承担相应的违约责任并赔偿由此给对方造成的损失。2.甲方应该按照本合同的约定缴纳（补缴）保费、保证金、履行清偿义务，否则，以迟延履行应付金额为基数按日支付违约金。3.甲方违反主合同、本合同约定的义务导致乙方向甲方发出书面函件（包括《工作联系函》《索赔预警通知书》），甲方应在7日内予以书面回复，对乙方提出的问题予以澄清，否则，甲方应按迟延履行天数以担保金额为基数支付违约金。4.乙方收到甲方对书面函件（包括《工作联系函》《索赔预警通知书》）的书面回复后，应在7日内将事件处理结果予以甲方书面回复，否则，乙方应按迟延履行天数以担保金额为基数支付违约金。5.甲方对于偏离主合同履行的事件及时告知乙方后，乙方应在7日内予以书面回复（即《工作联系单》），否则，乙方应按迟延履行天数以担保金额为基数支付违约金。6.违约金的计算方式：（1）迟延履行10日（日历天，含第10个日历天）以内的违约金按0.01％计收；（2）迟延履行超过10日不足20日（日历天，含第20个日历天）的违约金按0.02％计收；（3）迟延履行超过20日（日历天）的违约金按0.03％计收；（4）每次违约金最高不超过应付金额的20％。合同还约定了其他内容。
同日，仕达公司向新通公司出具了编号为京履字（2011）第019号的《承包商履约保函》。
本院查明
经查，2011年9月29日即保函出具前，仕达公司收到新兴公司第一期保证金50万元，并向新兴公司出具编号为042XX的收据，双方对此笔保证金无争议。
2012年9月21日，新通公司（甲方、发包人）与新兴公司（乙方、承包人）签订《北京市通州区梨园XX村居住项目159两限房地块建筑安装工程施工总承包合同》，约定：合同价款金额为：150456094元；总工期要求：不长于620日历天；开工日期：2012年3月5日；竣工日期：2013年11月1日；竣工移交日期：2013年11月15日。双方同意2011年9月签订的《北京新通致远房地产开发有限公司北京市通州区梨园镇XX居住项目159、167地块施工备案合同（备案号：京第2011XX号）》如与本合同（以及后续167地块所签署合同）有冲突之处，均以本合同（以及后续167地块所签署合同）及其组成文件为准。合同还约定了其他内容。
2013年1月8日，仕达公司收到新兴公司支付的第二期保证金1544266.19元，并向新兴公司出具编号为0032XX的收据，该收据上未载明日期。仕达公司认可其于2013年1月8日收到该笔款项，一审法院对此不持异议，但仕达公司称新兴公司迟延支付，构成违约。对此，新兴公司提交转账凭证，证明：新通公司首次向新兴公司支付工程款时间为2012年9月29日；新通公司支付施工至10层工程款时间为2012年12月27日，新兴公司向仕达公司支付第二期反担保保证金时间未超合同约定期限。诉讼中，仕达公司认可该证据的真实性，但不认可证明目的，并主张施工至10层的时间为2012年7月31日，但未提交证据予以证明。
2013年3月25日，仕达公司收到新兴公司支付的第三期保证金1544266.19元，并向新兴公司出具编号为01861XX的收据。仕达公司认可收到该笔款项，但称新兴公司迟延支付，构成违约。对此，新兴公司提交了2013年1月10日-2013年1月20日工程进度款及支付凭证，证明：2013年1月14日，新兴公司完成了159地块全部工程的主体结构，新通公司于2013年3月29日向其支付工程款，新兴公司向仕达公司支付第三期反担保保证金时间亦未超过合同约定期限。诉讼中，仕达公司不认可其关联性，并主张工程结构封顶时间为2012年10月15日，亦未提交证据予以证明。
一审诉讼中，应新兴公司、仕达公司的申请，为查明新通公司向新兴公司支付工程款的情况，一审法院向新通公司发送协助调查函，新通公司回函称：1.我司首次向新兴公司支付工程款的时间为2012年10月1日，2012年9月29日为新兴公司提交付款申请及单据的时间；2.我司首次向新兴公司支付工程款的对应施工进度已至十八层，已覆盖施工至十层的工程进度；3.无通州区梨园镇xx居住项目单一地块的付款记录，我司该项目工程款的付款方式为多地块统一支付。
2017年5月15日，新兴公司与新通公司签订竣工结算造价确认单，双方同意按照人民币164650000元结算北京市通州区梨园镇砖厂村居住项目两限房（159地块）工程范围内所有款项。双方经协商一致确认：结算金额为上述合同范围内需要建设单位所支付的全部款项，除此以外，建设单位无需再向对方单位支付任何费用或承担任何责任。
单位工程质量竣工验收记录表中记载：开工日期为2012年3月5日，完工日期为2014年7月14日。
2017年6月1日，仕达公司向新兴公司发送《工作联系函》，载明：项目名称：华远好天地、华远铭悦工程，联系事宜：关于华远好天地、华远铭悦工程退保通知事宜，内容：贵司在保证期间届满并退保时须同时向我司提交以下材料：1.建设单位向甲方开具履约责任完成的书面证明；2.乙方向建设单位出具的保函原件；3.乙方向甲方开具的保证金资金往来的财务凭证；4.承包商全程履约保函（该项为手写）。现通知贵司，请贵司备好上述资料后，与我司办理退保结算事宜。
一审诉讼中，新兴公司提交了2017年8月7日作出的《关于铭悦及好天地新兴总包退保事宜会议纪要》（复印件），主要内容为：关于新兴公司承包的铭悦项目155、158、159、167地块及好天地项目166地块履约担保到期退保事宜，地产公司配合完成各地块保证责任解除证明及155和166地块保函遗失证明后，项目维修过程中所产生的所有费用及其他问题由担保公司和新兴公司自行沟通解决，与地产公司无关。诉讼中仕达公司不认可该纪要的真实性，且无法核实其上签字的真实性；并主张在该会议中谈到了要求新兴公司签订保修期合同，履行保修期相关义务，但会议纪要中没有提及此项内容，但仕达公司对此未提交证据证明。
一审诉讼中，应新兴公司申请，为核实上述会议纪要的真实性，一审法院向新通公司发送协助调查函，新通公司出具说明如下：对于《关于铭悦及好天地新兴总包退保事宜会议纪要》，我司无原件存档，无法核对其真实性。
2017年8月23日，仕达公司向新兴公司发送《工作联系函》，联系事项：关于新兴公司办理退保的回复，主要内容为：我司于2017年8月17日收到中国新兴建设总公司的要求退保的文件……由于新兴公司对担保工作的不配合及付款方面的违约，对我担保公司造成经济损失，主要为：1.新兴公司未按时支付保费；2.关于建设期履约担保，新兴公司签订的担保委托合同及出具保函的时间，都有延期，导致保费和保证金相应延付，且在保修期担保一事上拒绝合作，导致可预见的整体收益计算落空；3.关于保修期保修担保，新兴公司一直未到担保公司办理手续，拒不维修和赔偿，仕达公司履行保修担保服务至今，为新兴公司承担了保修责任，新兴公司未交保修期保费及反担保保证金；4.新兴公司不合作的态度及行为导致服务口碑和经济营收的双重损失。鉴于以上情况，我司主张如下：1.159地块保证金迟付违约金150102.67元；2.159地块延期办保的保证金保费利息损失151771元；3.其他地块延期办保的保证金保费利息损失1249742.86元；4.158、167地块保修期代为履约后的追偿金额1576064.05元；5.158、167地块保修期担保费用一部分损失1933390.67元；6.合计应扣款金额5061071.25元；7.已交保证金的利息2206114.4元；8.实扣款金额2854956.85元；9.可退还金额2033575.15元。特此正式发函告知，并请贵司三个工作日内正式回函及办理。
2017年8月25日，新兴公司向仕达公司出具了关于华远铭悦项目、华远好天地项目贵方《工作联系函》的回复，其上载明：我方于2017年8月23日19点30分收到贵方通过微信发送关于华远铭悦项目、华远好天地项目《工作联系函》回复的电子版照片（工作联系函），该文书非按合同约定的送达方式送达，我方并不认可其法律效力。但是鉴于该文书中所述不符合事实情况，没有法律和合同依据，为了维护我方合法权益，我方特作如下回复：1.关于华远铭悦项目159地块迟付违约金、159地块及其他各个地块项目延期办保费用的问题，并非事实。2.关于保修期保修担保问题，鉴于贵我双方并不存在保修期担保合同关系，贵方所述的代为履约行为与我方无关，我方保留追究贵方单方介入工程保修，从而给我方造成损失的责任。3.请贵方返还我方合同履约保证金，并同时返还相应的利息。否则我方将依法追究贵方相应的违约责任。
本案诉讼中，新兴公司提交了新通公司向仕达公司出具的《保证责任解除证明》，其上载明：鉴于贵司为新兴公司就北京市通州区梨园镇XX村居住项目159地块项目工程签订的《合同文件》（以下简称主合同）的履约行为提供建设期履约的保证担保，并于2011年11月3日向我司出具了编号为：京履字（2011）第019号的《承包商履约保函》（以下简称保函）。现新兴公司已经完全履行了主合同在该保函保证有效期间所约定的义务，截止至2013年11月17日贵司在保函中承诺的保证担保责任已解除。特此函告。仕达公司不认可其真实性，并称2013年11月17日不是担保责任解除的期限，仕达公司实际赔付时间是在2014年到2018年期间，陆续赔付了5个地块共计150余万元，但未提交证据证明。
一审诉讼中，应新兴公司申请，为查明《保证责任解除证明》的真实性，一审法院向新通公司发出协助调查函，新通公司出具说明如下：对于《保证责任解除证明》，真实性认可。我司未收到159地块的建设期履约保函，在仕达公司同意维修事项与新兴公司自行解决的前提下，我司为配合新兴公司办理退保手续，出具了《保证责任解除声明》。
一审诉讼中，应仕达公司的申请，为查明仕达公司提供担保情况，一审法院向通州区住建委发送协助调查函，通州区住建委书面回函称：经调查，我中心无该工程的招标信息、无该工程履约保函。
另，应仕达公司的申请，一审法院向北京建工京精大房工程建设监理有限公司发送协助调查函，北京建工京精大房工程建设监理有限公司向一审法院提交了通州区梨园镇XX村居住项目159、167地块第49次（2012年7月31日）、第60次（2012年10月23日）、第78次（2013年4月2日）监理会议纪要复印件，其上载有施工情况与工程进度计划安排。其中第49次监理会议纪要载明159地块本周进度计划安排包括：部分楼号10层顶板绑筋施工、部分楼号9层顶板绑筋浇砼等；第60次监理会议纪要载明本周进度计划安排包括：159地块22-25层绑筋墙体拆模、支顶板等，烟风道安装等二次结构施工内容；第78次监理会议纪要载明159地块本周进度计划安排包括土建凿窗、防水、找平、埋管等。
一审诉讼中，仕达公司还提交了159地块补交担保费计算表、未交保费违约金计算表、延迟交纳保证金产生的违约金计算表以及159、167地块未回复函件违约金计算表，用以证明新兴公司应承担相应违约责任之计算依据。新兴公司对上述证据的真实性、合法性与证明目的均不认可，并主张：第一，根据《委托保证合同》第五条之约定，担保函金额及担保费的计算基数为合同价款，而非竣工结算价；第二，仕达公司未提交证据证明其同意按照变更后的竣工日期承担担保责任，故无权要求新兴公司补交担保费；第三，仕达公司未提交证据证明新兴公司施工至10层及结构封顶时间，更未证明建设单位已向新兴公司支付工程款，故仕达公司无权要求新兴公司赔偿迟延缴纳反担保保证金之违约金。
一审法院认为，新兴公司与仕达公司签订的《委托保证合同》系双方真实意思表示，不违反法律、行政法规的规定，合法有效，双方均应恪守履约。综合双方诉辩意见，本案争议焦点为：一、仕达公司应否返还新兴公司反担保保证金及支付相应利息损失与违约金；二、新兴公司应否补交担保费以及支付相应违约金；三、新兴公司应否支付延迟缴纳保证金所产生之违约金。
一、仕达公司应否返还新兴公司反担保保证金及支付相应利息损失与违约金。
关于新兴公司要求仕达公司返还担保金之诉请，根据双方约定，新兴公司在保证期间届满并退保时须提交仕达公司向建设单位出具的《承包商履约保函》原件。现涉案项目已于2014年7月14日完工，且未有证据证明存在仕达公司就涉诉项目承担保证责任的情况，故仕达公司已经具备退还反保证金的客观条件。关于仕达公司以新兴公司未退还保函原件为由拒绝返还反担保保证金的抗辩意见，一审法院认为，虽然合同中约定退保时新兴公司须提交保函原件，但新通公司因该原件遗失已无法返还，新兴公司对此并无过错和责任；根据《保证责任解除证明》及一审法院向新通公司核实的情况，足以证明仕达公司针对涉诉项目的保证担保责任已经解除，故对于仕达公司以新兴公司未返还保函原件为由拒绝返还反担保保证金的抗辩意见，一审法院不予采信。对于新兴公司要求仕达公司返还反担保保证金之诉请，具有事实与法律依据，一审法院予以支持。
关于新兴公司要求仕达公司支付反担保保证金的利息及违约金之诉请，根据已查明的事实，现有证据不足以证明在本案诉讼前新兴公司已经向仕达公司充分说明其无法出具《承包商履约保函》原件的客观原因，亦无直接证据证明其曾向仕达公司出具过《保证责任解除证明》原件，故仕达公司因新兴公司无法提供《承包商履约保函》原件而享有一定期限利益。对于新兴公司要求仕达公司支付反担保保证金的利息损失及违约金之诉请，缺少事实与法律依据，一审法院不予支持。
二、新兴公司应否补交担保费以及支付相应违约金。
关于仕达公司反诉新兴公司支付补交担保费及因迟延补交担保费所产生之违约金一节，根据双方合同约定：仕达公司提供全程履约担保的保证金额为11971774.6元；担保费率根据担保金额、担保风险等因素确定，甲方向乙方交纳保费，是乙方为上述全程履约保函提供保证担保的必要条件。双方确定的担保年费率为担保金额的0.6％，担保期限超过一年的，不足六个月的，按半年期计收担保费；超过六个月但不满一年的，按一年期计收担保费。该项目159地块的担保费暂按2年收取，共计143541.3元。若甲方与建设单位变更工程竣工日期的，甲方应自收到乙方书面通知后的3日内补缴相应的保费。
本案中，其一，根据合同约定，保费计收基数为固定的数额，双方并未约定保费计算基数随实际竣工金额的变化而调整；其二，虽然实际竣工日期发生变更，但仕达公司并未举证证明其向新兴公司送达了关于补缴相应保费的通知，亦未举证证明存在赔付情况。加之新通公司明确表示截止至2013年11月17日仕达公司在保函中承诺的保证担保责任已解除，且涉诉工程竣工至今，仕达公司并未及时将反担保金返还而占有至今，综合考量合同实际履行的情况及公平原则，对于仕达公司要求新兴公司补交担保费及支付因迟延补交担保费所产生违约金之诉请，缺少事实与法律依据，一审法院不予支持。
三、新兴公司应否支付延迟缴纳保证金所产生之违约金。
关于仕达公司反诉新兴公司支付延迟缴纳保证金产生的违约金一节，按照双方合同约定，保证金分三次支付：1.保函出具前，新兴公司一次性向仕达公司支付50万元；2.施工至10层，建设单位向新兴公司支付工程款后5个工作日内，新兴公司一次性向仕达公司支付1544266.19元；3.施工至结构封顶时，建设单位向新兴公司支付工程款后5个工作日内，新兴公司一次性向仕达公司支付1544266.19元。违约金的计算方式为：迟延履行10日以内的违约金按0.01％计收；迟延履行超过10日不足20日的违约金按0.02％计收；迟延履行超过20日的违约金按0.03％计收，每次违约金最高不超过应付总金额的20％。诉讼中，仕达公司主张新兴公司迟延支付后两期保证金，构成违约，应依约支付相应违约金。
一审法院认为，根据合同约定，新兴公司支付后两期保证金需同时满足两个条件：其一，工程施工至10层与施工至结构封顶；其二，建设单位即新通公司向新兴公司支付工程款后5个工作日内。
关于新兴公司是否迟延支付第二期保证金，结合一审法院向新通公司调查取证所得相应事实，新通公司称其于2012年10月1日向新兴公司首次支付工程款，对应施工进度已至18层。诉讼中，新兴公司虽对上述事实予以否认，但并未提交反证予以证实，故一审法院对其意见不予采纳。按照合同约定，新兴公司应于收到该笔工程款5个工作日内，即2012年10月12日前支付第二期保证金；现新兴公司于2013年1月8日方支付第二期保证金，已构成违约。仕达公司反诉要求新兴公司支付延迟缴纳第二期保证金所产生违约金之诉请，具有事实与法律依据，一审法院予以支持，但计算金额有误，一审法院予以调整。
关于新兴公司是否迟延支付第三期保证金，仕达公司未举证证明工程施工至结构封顶时间，亦未举证证明新兴公司收到新通公司相应工程款的时间。诉讼中，应仕达公司申请，一审法院向新通公司调查取证核实相应事实，新通公司亦称该项目工程款的付款方式为多地块支付，无案涉单一地块的付款记录。结合新兴公司提交的2013年新通公司付款凭证及新兴公司向仕达公司付款凭证等证据，亦不能体现新兴公司延迟付款的事实；故仕达公司无证据证明新兴公司存在迟延支付第三期保证金之事实，对此应由其承担举证不能之不利后果。仕达公司反诉要求新兴公司支付延迟缴纳第三期保证金所产生违约金之诉请，缺乏事实与法律依据，一审法院不予支持。
综上所述，依照《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉时间效力的若干规定》第一条、原《中华人民共和国合同法》第八条、第六十条、第一百零七条、第一百一十四条第一款、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款之规定，判决：1.仕达公司返还新兴公司反担保保证金3588532.38元，于判决生效之日起7日内付清；2.新兴公司支付仕达公司延迟缴纳保证金产生的违约金40769元，于判决生效之日起7日内付清；3.驳回新兴公司的其他本诉请求；4.驳回仕达公司的其他反诉请求。
二审中，当事人没有提交新证据。
本院审理期间，仕达公司、新兴公司均确认，案涉159地块单位工程质量竣工验收记录表中载明的完工日期系2014年1月14日。
本院对一审查明的其他事实予以确认。
本院认为
本院认为，仕达公司与新兴公司签订《委托保证合同》系双方当事人真实意思表示，不违反法律、行政法规强制性规定，合法有效，双方应依据上述合同约定享有权利并履行义务。双方当事人对于一审法院关于仕达公司向新兴公司返还反担保保证金，以及新兴公司向仕达公司缴纳迟延付款违约金部分判项未提出上诉，视为认可一审判决结果，本院不持异议；二审期间，双方争议焦点是仕达公司是否有权按照新兴公司与新通公司竣工结算价格向新兴公司收取担保费。对此本院认为，《委托保证合同》第二条约定，仕达公司承担保证责任的金额即保函金额，为主合同金额的10％，共计11971774.6元；第五条第2款约定，担保费年费率为担保金额的0.6％；以上约定表明担保费计算基数系固定数额。仕达公司亦是以上述主合同金额为基数向新通公司出具履约保函，为新兴公司承担连带保证责任。《委托保证合同》并无关于按照实际工程结算价款调整保函金额和相应担保费的约定，仕达公司关于按照新兴公司与新通公司竣工结算价格向新兴公司收取担保费并计算违约金的主张，缺乏事实及法律依据，一审法院未予支持，并无不当，本院亦不予支持。
关于仕达公司实际提供担保的期限问题。新通公司作为主债权人，于2013年11月17日免除了仕达公司的担保责任，仕达公司实际承担担保责任的时间是保函出具之日即2011年11月3日至2013年11月17日，此后仕达公司未按照《委托保证合同》约定书面通知新兴公司补缴相应保费，鉴于上述情况，同时，考虑到仕达公司实际占有新兴公司保证金至今的客观事实，一审法院酌情按照2年时限计算担保期限，并无不妥，本院予以维持。
综上所述，仕达公司的上诉请求不能成立，应予驳回；一审判决认定事实清楚，适用法律正确，应予维持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第一项规定，判决如下：
本案裁判结果
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费4954元，由仕达融资担保有限公司负担。
本判决为终审判决。
