当事人信息
上诉人（原审原告、反诉被告）：陕西远景工程有限公司。住所地：陕西省汉中市汉台区。
法定代表人：李铁军，该公司执行董事。
委托诉讼代理人：钟汝超，北京市中盈（西宁）律师事务所 律师。
上诉人（原审被告、反诉原告）：青海地方铁路建设投资有限公司。住所地：青海省西宁市城西区。
法定代表人：王振，该公司董事长。
委托诉讼代理人：党向谦，青海竞帆律师事务所 律师。
委托诉讼代理人：陈艳琴，青海竞帆律师事务所 律师。
审理经过
上诉人陕西远景工程有限公司（以下简称远景公司）因与上诉人青海地方铁路建设投资有限公司（以下简称铁路公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服青海省海南藏族自治州中级人民法院（2020）青25民初7号民事判决，向本院提起上诉。本院于2021年5月21日立案后，依法组成合议庭，于2021年6月23日公开开庭进行了审理。上诉人远景公司的委托诉讼代理人钟汝超，上诉人铁路公司的委托诉讼代理人党向谦、陈艳琴到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
上诉人诉称
远景公司上诉请求：1.撤销一审法院判决第一项、第二项；2.改判支持其一审的全部诉讼请求；3.全部诉讼费用由铁路公司承担。事实与理由：2016年6月30日，其通过铁路公司的招标并中标后，双方签订《施工合同》，承建共玉公路改扩建工程GYFJSG19合同段的建筑工程。工程地点位于青海省共和至玉树沿线铁盖收费站，工程内容包括收费综合楼、水配房、锅炉房、检查站、收费大棚等收费站施工图包含的所有内容，合同计划开竣工日期为2016年6月30日至2017年5月31日，合同价24226772元。其承包该工程后积极组织施工，最终按照铁路公司的要求如期保质保量完工。铁路公司基本能够按照约定或协商支付进度款，但是，以下问题导致的工程量增加和工程款的增加，铁路公司迟迟不予确认，导致工程完工至今，工程款不能全部支付。首先，施工过程中，该处供水方式为打井供水，原设计及招标文件对机井的暂估深度为20米，暂估单价为每米10000元，总价20万元。但是按照原设计位置打井完成深度20米后根本不能出水，经与铁路公司及监理单位协商同意后，继续打井深度至450米，依旧不能出水。该位置机井的施工虽然未能出水，但付出的人力物力与正常施工相同，仅就井本身来说，出不出水都是一样，其只负有按照设计施工的义务，能否出水完全是由设计决定的。而此类施工最终能否达到业主期望的风险责任不应由施工方负担。其在按设计要求打井失败后，积极采取措施，制作了外水引入工程方案，但该方案造价达2600余万元，此方案被否决。在此情况下，急业主之所急，聘请水文地质专业人员重新确定打井位置，并征得了设计、监理及业主代表的同意，最终打井深度至1432.4米后出水，水质水量满足要求。按照招标文件的机井单价每米1万元计算，加上原设计机井施工至450米，通过监理确认，该单项工程增加工程款金额1902.4万元。铁路公司以监理合同中没有赋予监理确定工程价款权利为由不予确认，但监理合同是铁路公司与监理之间内部合同，如何约定对其没有约束力。反之，监理的地位就是业主的代理人，作为施工方不但有权以监理的同意作为施工依据，甚至有义务遵从监理的指挥。作为增加打井深度来说，应当以监理同意为依据自不待言；而其造价被监理确认，其效力当然及于业主。如果铁路公司认为监理单位超越权限造成损失，应当向监理追偿，而不能以此作为不接受该确认约束的理由。对此，一审判决最终以上诉人不提出鉴定申请为由，按照举证不能完全驳回该项诉讼请求是严重错误的。首先，增加工程量的事实双方没有争议，即使按照举证不能，在铁路公司主张应当以自己核定单价计算的情况下，最坏的结果也是以该单价进行计算，而不是全部驳回。其次，其主张的单价既有合同约定，又有监理确认，无需鉴定。至于上本案二审发回重审裁定认为应当进行鉴定的意见并没有强制的法律效力，只有“发回重审”是裁判内容，其他都不能干涉重审依照事实和法律裁判。其次，根据青建工（2016）140号文件，营改增后，2016年5月1日以后的工程项目造价以税前价乘以11%确定，而本案涉及的建设施工合同还是以原来的3.36%税率计算的，因此，应当按照新的造价计算公式进行调整，调整后，工程款增加159.65万元。对此，一审判决认为不论用哪种计算方法都没有给其带来税负增加，更是明显与事实相反。对此，其在一审中提供了同一工程、同一问题、不同标段为此发生纠纷的（2020）青民再129号民事判决书，该判决作为再审判决，具有确定的法律效力，同案同判是基本原则，本案一审直接无视该判例，径行判决是错误的。另外，一审判决增加人工费的数额虽然不准确，比应当增加的数额少，但为了尽早解决纠纷，不再提出异议，二审应当维持。合同约定优良奖励金30万元，该款名为奖励金实为合同价款的组成部分，其没有应当扣除工程款的违约行为，铁路公司在工程价款期中支付证书中也列出了该款，并且通过了审批。一审判决予以支持是正确的，应当维持。最后，铁路公司的反诉请求被驳回完全正确，不再赘述。综上所述，请求二审法院支持其上诉请求。
被上诉人辩称
铁路公司辩称，一是机井增加造价1902.4万元。双方合同未授予监理确定工程价款的权利，且合同专用合同条款约定“总监理工程签发任何付款凭证须征得发包人同意”，远景公司持有经监理签字的机井变更增加工程造价单，但因监理没有确定价款权限，也没有经过发包人审核同意，该变更单未发生效力，且招投标文件中明确机井（20m）、金额20万元为暂估价，远景公司依据该未生效的变更单及暂估价主张机井增加工程款1432.4万元缺乏依据。470米废井双方没有据实测量，其不予认可，且根据招标文件可以确定其采购的是机井这一材料，废井没有任何使用价值，也未交付使用，该470万元也没有依据。现其同意按井深1432.4米、1682.34元/米来确认造价并取代暂估价，该定价具有充分的法律依据和事实根据，但远景公司对此不认可，就应承担举证责任。二是营改增调整工程税金增加款159.65万元。远景公司投标报价中已含3.36%的税费，且根据文件精神其作为跨县（市）提供建筑服务的企业，可选择一般计税法按2%预缴税款，也可选择简单计税法按3%计算纳税额，无论如何选择均不超过3.36%；远景公司虽提交其按11%预交增值税方面的证据，但看不出是否抵扣进项税额，无法证明营改增导致其税负增加的事实，是否产生税负增加、抵扣相应税费后综合税率是多少均不确定；同时，双方签订的合同为固定总价合同。三是增加的人工费96.3526万元。案涉合同专用条款明确约定合同价款为固定总价，除因工程内容增加或减少的情况外不予变更，案涉工程不存在工程内容增加或减少的情况，因此谈不上变更问题；专用条款还约定物价波动引起的价格不调整，根据《建设工程量清单计价规范》建设工程领域所指物价包括人工，即双方已经约定了因人工费的增加或减少不调整合同价款；远景公司也未具体说明其增加人工费如何产生、计算，一审法院也释明对此应鉴定确定，但其也未申请鉴定。四是优良奖励金30万元。从中标通知书看，合同价由奖励金等三部分组成，施工合同里没有表述奖励金，虽没有表述，但奖励金不是必然发生，现有2018年10月、11月两份期中支付报表由远景公司制作提供，其中10月报表中确实同意支付30万元，但11月报表又扣回了，在这种情况下，双方已经认可奖励金不再支付，且通过合同的履行双方已经明确奖励金不再支付。
铁路公司上诉请求：1.撤销一审判决第一项并改判驳回远景公司的全部诉讼请求；2.本案一审、二审诉讼费由远景公司承担。事实与理由：一、一审法院认定其向远景公司支付人工调增费722644元与招标文件及施工合同约定内容不符，且未经造价鉴定严重缺乏事实根据。其一，案涉项目专用合同条款明确约定合同价款为固定总价，物价波动引起的价格调整（不调整）。同时，根据《建设工程工程量清单计价规范》（GB50500-2013）9.8条的规定，建设工程领域所指物价包括人工、材料、工程设备、机械台班价格，也就是说，施工合同中已明确约定了因人工费的增加或减少不调整合同价款，该约定内容不违反法律、行政法规强制性规定，属于有效约定，对合同双方均应具有法律约束力，一审法院认定其向远景公司支付人工调增费与案涉施工合同的约定内容不符。其二，案涉项目专用合同条款15.1条约定：“除因发包人增加或减少额外工程或因政策性调整致使工程内容增加或减少的情况外，其余情况不予变更，具体变更范围及内容在签订合同时约定”。该合同条款约定的是，当政策性调整致使工程内容发生变化时才进行变更调整，其他情况不调整。青建工（2016）443号文件仅是关于人工费单价的调整，不涉及工程内容增加或减少的情况，因此，本案中不具备“因政策性调整致使工程内容增加或减少”这一变更调整合同价款的前提条件。一审法院之所以会认定人工调增费，是基于对案涉项目专用合同条款15.1条约定内容的错误理解，误将政府对人工费单价调整直接理解为政策性调整致使工程内容增加。其三，本案发回重审裁定中明确：“关于人工费调增的问题，一审法院需进一步查明铁路公司是否应给付人工调增费，如应给付，亦涉及到造价鉴定的问题”。但本案一审重新审理过程中，远景公司还是未就其所主张增加的人工费是怎样计算进行举证说明，一审法院也没有进一步查明并阐述给付人工调增费的事实与理由，同时，一审法院多次向远景公司释明是否就人工调增费申请鉴定，远景公司明确表示不申请鉴定。基于上述事实，远景公司应承担举证不能的相应法律后果，一审法院仍忽视人工调增费需要通过鉴定才能确定的问题，在毫无事实根据的情况下直接认定人工调增费722644元。二、一审法院认定其向远景公司支付30万元奖励金缺乏事实根据和法律依据。首先，2018年11月的《工程价款中期支付报表》是远景公司制作提交并经项目发包方、监理单位等审核批准，其中明确列明优良奖励金调整退还（-300000），这是远景公司的真实意思表示，且远景公司始终未依法撤销或变更改报表，该报表内容真实、合法、有效。一审法院在未就上述报表真实性、合法性、有效性等方面进行查明和阐述的情况下就直接否认了该报表内容并认定支付30万元奖励金，系事实认定不清。其次，案涉项目招标文件第五章《工程量清单》2.7条规定：“奖励基金根据本项目的需要，由发包人建立专用账户，进行统一管理。在承包人进场后，发包人根据制定的本工程项目建设质量、进度、安全、廉政、环保及文明施工考核办法，按期组织考核、评比，并予以奖励”，根据该规定，奖励基金由发包人设立并管理，并不是发包人必然支付的款项，而本案从事实角度讲，根据双方签订的相关会议纪要，远景公司在施工过程中存在很多违约情况，不具备获得奖励金的基本条件、最终没有通过奖励金考核。综上，一审法院认定其向远景公司支付人工调增费722644元和奖励金300000元缺乏最基本的事实根据和法律依据，请求依法改判驳回其全部诉讼请求。
远景公司辩称，施工期间，青海省工程预算造价中人工费单价做了调整，按照文件和新的人工费单价表，增加人工费96.3526万元，一审判决增加人工费的数额虽然不准确，比应当增加的数额少，但为了尽早解决纠纷，认可一审法院认定的72.2644万元，不再提出异议，二审应当维持。合同约定优良奖励金30万元，该款名为奖励金实为合同价款的组成部分，其没有应当扣除工程款的违约行为，铁路公司在工程价款期中支付证书中也列出了该款，并且通过了审批，故，应予支付。
一审法院查明
一审法院认定如下事实：2016年5月19日铁路公司通过招标代理单位向远景公司发出共和至玉树公路改扩建GYFJ-SG19标段中标通知书，投标报价为21751611元；签约合同价为24226772.1元（中标合同价金额依据招标文件的约定由投标价+10%暂列金额+奖励金组成，即21751611元+2175161.1元+300000元）。
2016年6月30日远景公司与铁路公司根据中标通知书签订《施工合同协议书》。合同约定：承包方远景公司建设共和至玉树公路改扩建GYFJ-SG19合同段工程；工程内容为收费综合楼、水配房、锅炉房、检查站、收费大棚、门房及室外工程等施工图包含所有内容；合同工期为2016年6月1日开工至2017年5月31日竣工，合同天数为364天；合同形式采取固定总价；签约合同价为24226772.1元；2016年7月18日远景公司向监理公司提交开工报告，经同意进场开工。在履行合同施工过程中，远景公司根据招标文件内容对工程项目供水机井的暂估深度为20米，暂估单价10000元/米，总价200000元的约定，按照设计要求在原设计位置施工，打井20米不能出水；远景公司经征得监理公司同意，在此继续打井至450米仍不能出水；远景公司再次征得设计单位和监理单位同意，并聘请水文地质专业人员重新确定打井位置，打井深度至1432.4米出水完工。同时，2018年1月28日远景公司未征得铁路公司意见，同监理单位、设计单位制作了同意变更机井挖掘深度达到1432.4米时，出水量满足设计要求，增加金额：（1432米-20米）×10000元/米=14124000元的《设计变更报批表》等等。为此，远景公司提出：一、打井增加的工程量已经经过监理认可，单价有合同依据，该单项工程增加工程款金额19024000元应当予以支持；二、根据青海省住房和城乡建设厅青建工（2016）140号文件，营改增调整后的工程款增加1596500元，应当予以支持；三、在此期间，青海省工程预算造价中人工单价做了调整，按照文件和新的人工费单价表，人工费增加963526元应当支付；四、合同约定优良奖励金300000元应当支付等的诉讼请求起诉铁路公司。同时，铁路公司提起了对远景公司迟延工期应支付违约金1180000元的反诉请求。
另查明，2018年8月1日由监理单位、设计单位、远景公司和铁路公司等四方参加对共和至玉树公路改扩建GYFJ-SG19合同标段建筑工程项目进行了竣工验收，并在《公路工程（合同段）交工验收证书》上签字和盖章。对工程质量、合同执行情况作出评价；对遗留问题、缺陷的处理意见及有关问题作出决定，文字表述称：一、工程质量评价：交工验收委员会根据《建筑工程施工质量验收统一标准》和《公路工程（交）竣工验收办法》相关规定，认为本项目房建工程所含分部工程质量合格；质量控制资料较完整；有关安全、节能、环境保护和主要使用功能检验资料较完整；主要使用功能的抽查结果基本符合相关专业现行验收规范规定；观感质量通过观察和简单测试符合要求。交工验收委员会一致同意通过交工验收。二、合同段执行情况评价：各合同段在施工过程中，能认真履行施工合同，进场的人员、机械设备、试验检测仪器满足合同文件要求，组织较强的施工力量，按照监理单位审核通过的施工组织设计精心施工，建立健全质量自检体系，按规范和设计文件施工，保证了工程进度，确保了工程质量。三、遗留问题、缺陷的处理意见及有关决定：一、按照青海省交通建设工程质量监督站关于共和至玉树公路改扩建工程房建工程交工前检测意见、交工验收委员会发现的问题及各使用单位提出的问题进行缺陷处理，由建设单位组织监理、施工单位认真完成质量回访，要求于2018年9月30日前完成所有缺陷修复。否则，从质保金中扣除后委托第三方实施。二、自2018年8月2日起，施工、监理单位进入缺陷责任期，权限责任期两年（2018年8月2日至2020年8月1日）。缺陷期内出现质量问题应及时修复，实行质量终身制。三、共和至玉树公路改扩建工程房建工程自2018年8月2日起交由青海省高等级公路建设管理局、青海省公路局、青海省公路路政执法总队管养。
根据双方当事人的诉辩主张，一审法院对本案的争议焦点认定如下：
一审法院认为
一、关于机井变更增加的工程款19024000元应否支持的问题。远景公司认为，施工过程中，该处供水方式为打井供水，原设计及招标文件对机井的暂估深度为20米，暂估单价为每米10000元，总价20万元。但是原告按照原设计位置打井完成深度20米后根本不能出水，原告与被告及监理单位协商并征得同意后，在此处继续打井深度至450米，依旧不能出水。该位置机井的施工虽然未能出水，但原告付出的人力物力却与正常施工完全相同，就机井本身来说，出不出水都是一样的。况且此类施工本身具有风险，是否最终能够达到被告的期望，原告只负有按照设计施工的义务，风险责任显然不应当由原告承担，所以这一风险应当由被告承担。原告在按照设计要求打井失败后，积极采取措施，首先制作了外水引入工程方案，但由于铁盖收费站最近引水来源为共和县市政供水，依照该方案造价达2600余万元，此方案被否决。而供水对收费站的重要性不言而喻，也就是说，如果不能解决水源，收费站就不能运作，只能就地打出水。在此情况下，原告急被告之所急，聘请水文地质专业人员重新确定打井位置，并征得了设计、监理及被告代表的同意。最终打井深度至1432.4米后终于出水，水质水量满足供水要求。按照招标文件的机井单价10000元/米计算，加上原设计机井施工至450米，该单项工程增加工程款金额19024000元应当支持。铁路公司认为，一、原、被告双方签订的施工合同约定监理的权限为审核工程量等，合同未授予监理确定工程价款的权利，且施工合同项目专用合同条款3.1.1条明确约定“总监理工程签发任何付款凭证须征得发包人同意”。因此，本案中原告虽然持有经监理签字的机井变更增加工程造价单，但由于监理没有确定工程价款的权限（设计单位还专门在审批表中注明最终单价由发包人来审核），该变更单最终没有经过发包人审核同意，该变更单未发生效力，原告依据该未生效的变更单主张案涉机井增加工程款19024000元的请求缺乏事实根据和合同依据，依法不能成立。二、根据招标文件《主要材料暂估价表》（第64、65页），案涉“机井”是作为主要材料进行列项的，即被告采购的是一口机井，只要原告交付经验收质量合格、能够出水的机井，被告就接收并根据实际情况就暂估价进行调整定价，至于原告是自己打井还是委托第三方打井、在哪打井、怎样打井、打多少米能出水等发包方均不干涉，事实上，施工图纸也没有专门关于机井的设计或标注，即本案根本不存在机井设计变更和工程量变更问题，仅是工程完工后双方对材料暂估价进行调整定价的问题。三、招标文件和投标文件中都明确机井（20m）、金额20万元为暂估价，合同通用条款1.1.5.5条及《建设工程量清单计价规范》（GB50500-2013）2.0.19项对“暂估价”的释义为：招标人在工程量清单中提供的用于必然发生但暂时不能确定价格的材料、工程设备的单价以及专业工程的金额；《建设工程量清单计价规范》9.9.2条明确规定：“发包人在招标工程量清单中给定暂估价的材料、工程设备不属于依法进行招投标的，应由承包人按照合同约定采购，经发包人确认单价后取代暂估价，调整合同价款。”；招标文件《主要材料暂估价表》备注部分也标明：暂估价仅指材料采购费用，与此相关的其他费用包含在相关细目的综合单价中，发包人不另行支付，暂估价仅为参考价，最终价格依据《项目专用合同条款》5.1条约定。基于上述规定，在原、被告双方均认可机井深度及造价为暂估价的情况下，仅存在对机井造价据实进行调整定价的问题，原告主张按照10000元/米的单价结算机井价款是对暂估价的根本性认识和理解错误，被告同意按照2019年6月12日会议纪要中确定的共玉房建项目各标段机井单价定价结果铁盖收费站（即19标诉争工程，井深1432米）1682．34元/米来确认单价并取代暂估价，原告对此不认可也不根据法院多次予以释明的内容就案涉机井深度及造价申请鉴定，原告应承担举证不能的相应法律后果。四、就原告所陈述的450米废井问题，双方没有据实测量，原告方也未就废井深度申请鉴定，被告对原告所述废井深度不予认可。同时，根据招标文件可以确定被告采购的是机井这一材料，根据《项目合同专用条款》5.1条的相关约定，承包方向发包方交付的全部材料应是合格的、具有使用价值的材料，废井没有任何使用价值，原告未向被告交付使用，原告主张被告支付废井的工程款没有任何事实根据和法律依据。五、被告认可将案涉机井材料暂估价套用定额重新分析定价，调整定价为1682.34元/米，该定价具有充分的法律依据和事实根据：1.2019年6月12日，被告组织共玉房建项目各标段项目经理、监理单位、造价工程师等人员召开专题会议并形成会议记录，研究共玉房建项目暂估价定价事宜，会议套用定额重新分析确定了各标段机井单价，定价结果为：铁盖收费站（即19标诉争工程，井深1432米）1682.34元/米、花石峡南区（井深1420米）1689.66米、花石峡南区（井深1207米）1653.44米……上述定价结果既有充分的定价依据，也得到了监理单位及其他各标段项目负责人的确认，案涉机井工程应适用该定价结果。2.青海美苑园林建筑有限公司承建的共玉房建8标段工程与诉争工程情况基本一致：施工合同都约定机井暂估价为20万元（20m），实际井均超过1000米，而根据青海美苑园林建筑有限公司与被告的结算结果来看，青海美苑园林建筑有限公司完全认同上述定价结果。可见，上述定价结果具有充分的现实指导意义，原告应同等参照适用。3.被告提交的原告与内蒙古丰快钻井公司签订的《机井施工合同》及结算单等证据，完全能够证实诉争机井实际产生费用为1816200元（单价为：1000米以上部分1600元/米、1000米以下部分为500元/米），而被告组织相关确认的定价为1682.34元/米，高于原告实际产生的费用。事实证明，被告的定价既充分依据了相关规范和定额标准，也保证了原告的合理收益，该定价合法、合规、更合理。该院认为，建设工程施工合同约定工程价款实行固定总价结算，但因设计变更导致工程量发生变化，当事人要求对工程量增加部分按实际结算的，人民法院应当予以支持。但是，在机井原设计位置施工发生变化导致该工程量随机变化，双方当事人虽然均认可机井深度及造价为暂估，设计单位也在报批设计变更资料的审核中做出专门注明最终工程量由建设单位来审核的意见，而工程监理超越合同权限在审核意见中同意了施工单位意见，这对该案涉工程增量协商一致的施工单位和建设单位造成了矛盾，进而导致本案纠纷的发生。在庭审期间，该院释明案涉工程造价需核实工程量并通过司法鉴定后才能确定，必须由当事人申请才能进行工程造价的司法鉴定，但是双方当事人均以种种理由不申请司法鉴定，仍然坚持各自的诉讼主张，案涉争议焦点机井设计变更后的工程量造价金额无法准确判定，该院以当事人举证不利的后果责任，对远景公司请求铁路公司支付机井设计变更增加的工程款19024000元不予支持。
二、关于营改增调整后的工程税金增加款1596500元是否支持的问题。远景公司认为，根据青海省住房和城乡建设厅青建工（2016）140号文件，营改增后，2016年5月1日以后的工程项目程造价以税前价乘以11%确定，而本案涉及的建设施工合同还是以原来的3.36%税率计算的，因此，应当按照新的造价计算公式进行调整，调整后，工程款增加1596500元。该费用有生效判决可供参考，应当支持。铁路公司认为：一、原告在投标材料《规费、税金项目计价表》均按照费率3.36%计算的税金，也就是说原告的投标报价中已经包含了3.36%的税费。同时，根据财税[2016]36号文件附件2营业税改征增值税试点有关事项的规定（七）建筑服务类的纳税规定（第4、5款），原告是跨县（市）提供建筑服务的企业，其可以选择一般计税法按照2%的预征率预缴税款，也可以选择简易计税法按照3%的征收率计算应纳税额，但无论原告选择哪种计税法计税都不超过原告投标报价中已经计算的3.36%的费率，因此，建筑业实施营业税改增值税实际上并没有给原告增加税费负担。二、原告始终未提交其按照11%预交增值税方面的证据，因此原告无法证明营改增导致其税负增加的事实。同时，根据国家相关税收规定及被告方向税务部门的咨询结果（合议庭也可以向税务部门核实），建筑服务企业纳税义务人可以将在提供建筑服务过程中产生的进项发票（劳务发票、材料发票等）抵扣相应税费，因此，在原告按照规定抵扣相应税费后综合税率是多少、是否产生其所谓的税负增加问题均是不确定的，原告要求被告承担营改增后高出部分的税负没有任何事实根据。三、原、被告双方签订的施工合同明确约定合同价款为固定总价，合同中没有关于国家调整税费可以变更合同价款的约定，也没有明确是否含税定价方式、发票开具方式等必要信息，因此原告将按照相关税费规定本应由其缴纳的增值税税费要求被告承担没有任何合同依据和法律依据。该院认为，（一）因双方当事人均不同意申请司法鉴定，仍然坚持各自的诉讼观点，就无法准确判定机井设计变更后的工程量造价金额，最终工程税金基数无法确定，营改增调整后的工程款增加也就无法计算。再者，双方当事人签订的施工合同明确约定合同价款为固定总价，在合同条款中并没有明确是否含税定价方式、发票开具方式等必要信息；（二）远景公司也未向法院提交建筑服务发生地按照11%预交增值税发票的证据；（三）关于全面推开营业税改征增值税试点的通知，财税（2016）36号附件1.营业税改征增值税试点实施办法第十七条规定：增值税的计税方法，包括一般计税方法和简单计税方法。本案中，作为纳税人的远景公司所在地址是陕西汉中市，是跨县（市）提供建筑服务的企业。附件2.营业税改征增值税试点有关事项的规定：（七）建筑服务：4.一般纳税人跨县（市）提供服务，适用一般计税方法计税的，应以取得的全部价款和价外费用为销售款计算应纳税款，纳税人应以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照2%的预征率在建筑服务发生地预缴税款后，向机构所在地主管税务机关进行纳税申报。5.一般纳税人跨县（市）提供建筑服务，选择适用简易计税方法计税的，应以取得全部价款和价外费用和扣除支付的分包款后的余额为销售款，按照3%的征收率计算应纳税额。纳税人应按照上述计税方法在建筑服务发生地预缴税款后，向机构所在地主管税务机关进行纳税申报。青建工（2016）140号青海省住房和城乡建设厅关于建筑业实施营业税改增值税后调整青海省建设工程计价依据的通知五、有关问题说明（四）本通知中的计价依据调整办法适用于采用一般计税方法计税的建设工程。对符合关于全面推开营业税改征增值税试点的通知（财税（2016）36号）规定采用简单计税方法要求的建设工程单位和在2016年5月1日前开工的建设工程，可按原合同约定以及营改增前的计价依据执行。本案中，根据上述规定，远景公司选择一般计税方法，按照2%的预征率预交税款；选择简易计税方法，按原合同约定计价履行。远景公司在营改增的过渡阶段，不论选择哪种计税办法计税，并不确定会带来原有税负的增加。远景公司要求铁路公司承担营改增后高出部分的税金，缺乏事实基础，该院不予支持。
三、关于在此期间增加的人工费963526元应否支付的问题。远景公司认为，施工期间，在此期间，青海省工程预算造价中人工费单价也做了调整，按照文件和新的人工费单价表，增加人工费963526元。铁路公司认为，一、项目专用合同条款明确约定合同价款为固定总价，除因工程内容增加或减少的情况外不予变更，案涉工程不存在工程内容增加或减少的情况，因此也就谈不上变更问题。二、项目专用合同条款16.1条明确约定“物价波动引起的价格调整（不调整）”，而根据《建设工程量清单计价规范》（GB50500-2013）9.8条的规定（合同履行期间，因人工、材料、工程设备、机械台班价格波动影响合同价款时，应根据合同约定调整合同价款），建设工程领域所指物价包括人工，也就是说，原被告双方已经约定了因人工费的增加或减少不调整合同价款，该约定内容不违反国家法律、行政法规强制性规定，也不存在其他导致该约定内容无效的情形，属于有效约定，对合同双方当事人都有法律约束力。原告无视双方既定的有效约定要求被告调整人工费，违反了诚实信用的基本原则，其该项诉讼请求不应被得到支持。建设厅文件（不是法律也不是行政法规）不能也不应对生效合同的具体约定产生实质性影响。三、被告始终认为原告主张增加人工费没有任何法律依据，同时原告始终也说明不了其增加的人工费具体是如何产生、怎样计算得来的，在本案合议庭多次向其释明是否就人工费申请造价鉴定后其仍表示不申请鉴定，因此，原告主张增加人工费963526元严重缺乏事实根据，应承担举证不能的相应法律后果。该院认为，施工合同协议书：八、合同文件的组成：下列文件共同构成合同文件；4.专用合同条款。案涉项目专用合同条款15.变更，15.1变更的范围和内容规定：除因发包人增加或减少额外工程或因政策性调整致使工程内容增加或减少的情况外，其余情况均不予变更，具体变更范围及内容在签订合同时约定。由此可见，远景公司按施工期间政府对人工费进行政策性调整文件的规定调整人工工资，既符合客观实际也符合招标文件规定。但青建工（2016）443号关于调整青海省建设工程预算定额人工费单价的通知第三条规定：调整后的青海省建设工程预算定额人工费单价自2017年1月1日起执行，已完成的工程量和已竣工结算的工程不再调整。案涉工程2016年7月18日施工，2018年8月1日验收，跨年度三年。该院对远景公司要求铁路公司从2017年1月1日起至2018年8月1日增加人工费722644元予以支持。
四、关于合同约定的优良奖励金300000元应否支付的问题。远景公司认为，合同约定优良奖励金300000元，实际为变通的工程款，只要没有应当扣除的理由，就应当支付。原告的施工符合优良奖励的标准，被告在工程价款中期支付证书中也列出了该款，并且通过了审批。但是在支付过程中却将该款扣回，至今没有支付，这是错误的。铁路公司认为，一、2018年11月的《工程价款中期支付报表》是原告制作提交并经项目发包方、监理单位等审核批准的，其中明确列明优良奖励金调整退还（-300000元）。这是原告的真实意思表示，原告在退还后又向法院起诉要求被告向其返还，这不仅违背了诚实信用的基本原则，也没有相应的法律依据，原告要求支付奖励金的主张不应被支持。二、原告代理人在庭审中认为2018年11月的《工程价款中期支付报表》时原告处于弱势地位被迫制作的，被告认为原告代理人的该说法纯属臆想、毫无事实根据，且原告至今也没有根据相关法律规定申请撤销或变更该报表内容，至今该报表仍是真实、有效的，对原被告双方都具有法律约束力。三、招标文件第五章《工程量清单》2.7条规定：“奖励基金根据本项目的需要，由发包人建立专用账户，进行统一管理。在承包人进场后，发包人根据制定的本工程项目建设质量、进度、安全、廉政、环保及文明施工考核办法，按期组织考核、评比，并予以奖励”，根据该规定，奖励基金由发包人设立并管理，奖励金不是发包人必然会支付给承包人的款项，承包人能否实际获得奖励金取决于考核评比结果，只有经发包人考核通过并下发正式奖励文件后才能予以发放。而本案中从事实角度讲，根据双方签订的相关会议纪要，原告在施工过程中存在很多违约情况，不具备获得奖励金的基本条件、最终没有通过奖励金考核，原告的该项诉求严重缺乏事实根据。该院认为，案涉工程竣工验收时，参加验收的四方单位在《公路工程（合同段）交工验收证书》均认可认该工程质量合格；质量控制、安全、节能、环境保护和主要使用功能检验资料完整等，同意竣工验收。并未出现工程质量、安全、廉政、环保及文明施工等问题，工程进度迟延是得到建设单位默认的。在中标通知书和施工合同协议书表明，签约合同价：24226772.1元=投标报价+10%暂列金额+奖励基金组成，即21751611元+（21751611元×10%）+300000元=24226772.1元，从上述事实看，300000元奖励基金与招标文件规定奖励基金内容不符，其300000元奖励基金名为奖励基金，实际已转化为签约合同价款的组成部分。《中华人民共和国民法典》第四百六十五条规定：依法成立的合同对当事人具有法律效力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或解除合同。特别是招标合同，工程价款是中标合同的实质性内容。如果铁路公司不支付合同价款组成部分300000元奖励基金，则是对双方当事人签订的施工合同协议书实质性内容的变更。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二十二条确定了一项基本原则，即当事人签订的建设工程施工合同的实质性内容只要与招标文件、投标文件、中标通知书的记载不一致，就应当以招标文件、投标文件、中标通知书作为结算建设工程价款的依据。为此，铁路公司应向远景公司支付奖励基金300000元，该院予以支持。
五、反诉原告铁路公司请求反诉被告远景公司承担迟延工期违约金1180000元的反诉请求，应否予以支持。铁路公司认为，项目专用合同条款中约定逾期竣工违约金标准为1000元/天，原告迟延工期118天的违约事实客观存在，根据合同约定远景公司应向铁路公司支付违约金1180000元。远景公司认为，驳回被告的反诉请求，以维护公民、法人的合法权益和法律的尊严。该院认为：一、铁路公司的反诉请求与2018年8月1日公路工程（合同段）交工验收证书的表述相互矛盾。二、招标文件11.5承包人的工期延误规定：由于承包人原因造成不能按期竣工的，在按合同约定确定的竣工日期（包括按合同延长的工期）后7天内，监理人应当按通用合同条款第23.4.1的约定书面通知承包人，说明发包人有权得到按本款约定1000元/天标准和方法，计算逾期竣工违约金。监理人未在规定的期限内发出本款约定的书面通知的，发包人丧失要求逾期竣工违约金的权利。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第九条第（一）项的规定：当事人对建设工程实际竣工日期有争议的，建设工程经竣工验收合格的，以竣工验收合格之日为竣工日期。本案中，监理单位既未向法院提交施工合同协议书约定竣工日期为2017年5月31日后7日内书面通知承包人的证据，也未向法院提交竣工验收合格之日2018年8月1日后7日内书面通知承包人的证据。铁路公司丧失要求逾期竣工违约金的权利。对于铁路公司请求远景公司承担迟延工期违约金1180000元，该院不予支持。
综上，该院认为，当事人签订的施工合同协议书是双方真实意思表示，符合法律法规的规定，属有效合同，双方应当履行合同约定的义务。关于本案原告远景公司请求被告铁路公司支付增加的工程款22484026元的诉讼请求。根据争议焦点叙述的理由和法院释明后当事人放弃司法鉴定权利和义务，铁路公司应支付远景公司增加工程款1022644元，该院予以支持；关于反诉原告铁路公司要求远景公司承担迟延交工违约金1180000元的反诉请求。根据争议焦点叙述的理由，该院不予支持。依照《中华人民共和国民法典》第七百八十八条第一款、《最高人民法院关于适用的解释》第九十条第二款的规定，判决：一、被告（反诉原告）铁路公司于本判决生效之日起60日内支付原告（反诉被告）远景公司增加工程款1022644元，同时增加工程款1022644元自2018年8月1日起至给付之日止的利息（利息按银行同期贷款利息计算）；二、驳回原告（反诉被告）远景公司的其他诉讼请求；三、驳回被告（反诉原告）铁路公司请求原告（反诉被告）远景公司承担迟延工期违约金1180000元的反诉请求。如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条的规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。本诉案件受理费154221元，由原告（反诉被告）远景公司负担142110元，被告（反诉原告）铁路公司负担12111元。反诉案件受理费15420元，减半收取7710元，由被告（反诉原告）铁路公司负担。
二审审理期间，铁路公司提交了一份证据：本院（2020）青民再129号民事判决书，证明：与本案同一工程但不同标段的承包人针对营改增税率增加工程造价问题得到人民法院判决支持。铁路公司认为，本案与再审案件有不同之处，对该再审案件的判决本身也不认可，且再审案件对营改增税率增加工程造价问题经过了鉴定，本案也未鉴定，再加之其对此节的答辩意见，对该证据的证明力不认可。本院认为，该份判决来源于人民法院，对其真实性予以确认，对其证明力结合后文第三个争议焦点一并分析认定。
铁路公司对一审法院查明事实中第13页第二段“在履行合同施工过程中”至第14页第二段以上部分认为文字表述有歧义。本院认为，该部分一审法院表述的是引发纠纷的过程，并不涉及影响双方权利的事实，除该部分外，对一审法院查明的其他事实予以确认。
本院查明
二审经审理查明：远景公司向一审法院提交了其向铁路公司开具的十六张（含重复八张）税率为11%的陕西增值税普通发票，该八张发票分别为：2017年1月16日4145839元、2017年3月16日1447635.39元、2017年5月16日2946351.52元、2017年6月28日3893337.67元、2017年8月25日2242353.43元、2017年11月9日3068340.74元、2018年2月2日2524579.41元、2018年4月17日702614.84元。
针对双方上诉理由、答辩意见以及对一审判决认定事实，本院对案涉争议焦点分析认定如下：
一、关于机井工程变更增加工程款1902.4万元应否支持的问题
远景公司认为，其按照原设计位置打井完成深度20米后根本不能出水，其与铁路公司及监理单位协商同意后，在此处继续打井深度至450米，依旧不能出水，虽然未能出水，但其付出的人力物力与正常施工相同，风险责任显然不应由其承担，后其重新确定打井位置，并征得了设计、监理及铁路公司代表的同意，最终打井深度至1432.4米后出水，水质水量满足供水要求。按照招标文件的机井单价1万元/米计算为1432.4万元，加上原设计机井施工至470米，该单项工程增加工程款1902.4万元（一审起诉状1962.4万元系计算错误）。特别是单价得到监理单位确认，其已经完成了举证责任，如铁路公司不认可，应由其举证。
铁路公司认为，双方合同未授予监理确定工程价款的权利，且合同专用合同条款约定“总监理工程签发任何付款凭证须征得发包人同意”，远景公司持有经监理签字的机井变更增加工程造价单，但因监理没有确定价款权限，也没有经过发包人审核同意，该变更单未发生效力，且招投标文件中明确机井（20m）、金额20万元为暂估价，远景公司依据该未生效的变更单及暂估价主张机井增加工程款1432.4万元缺乏依据。470米废井双方没有据实测量，其不予认可，且根据招标文件可以确定其采购的是机井这一材料，废井没有任何使用价值，也未交付使用，远景公司主张废井工程款470万元没有依据。现其同意按井深1432.4米、1682.34元/米来确认造价并取代暂估价，该定价具有充分的法律依据和事实根据，但远景公司对此不予认可，应承担举证责任。
根据上述诉辩意见，双方对机井工程变更事实无异议，仅对已交付机井如何计价、未交付废井能否计价存在争议。本院分析认定如下：
本院认为
一是关于已交付机井计价问题。双方对机井深度1432.4米无异议，但远景公司认为应依据经监理签字的机井《设计变更报批表》《设计变更费用审核表》确定的1万元/米计价为1432.4万元，铁路公司认为应依据2019年会议纪要确定的1682.34元/米计价为2409783.816元。本院认为，依据双方签订的施工合同，监理的权限为审核工程量等，合同未授予监理确定工程价款的权利，故，远景公司虽持有经监理签字认可的机井变更增加工程造价，但未经发包人审核通过，监理审核的机井造价未发生效力，且在审批中设计单位还专门注明最终单价由发包人审核，远景公司依据监理审核的证据来主张案涉机井造价为1432.4万元的请求不能成立，远景公司也未按照一审法院的释明申请造价鉴定。根据《最高人民法院关于适用的解释》第九十条“当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实，应当提供证据加以证明，但法律另有规定的除外。在作出判决前，当事人未能提供证据或者证据不足以证明其事实主张的，由负有举证证明责任的当事人承担不利的后果”、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第三十一条第二款“对需要鉴定的待证事实负有举证责任的当事人，在人民法院指定期间内无正当理由不提出鉴定申请或者不预交鉴定费用，或者拒不提供相关材料，致使待证事实无法查明的，应当承担举证不能的法律后果”的规定，远景公司应承担举证不能的法律后果。对远景公司认为其已提交监理审核证据后不再负有举证责任的理由，因监理审核证据不能作为案涉有效证据且一审法院已充分释明，远景公司对此事实仍负有举证责任，该理由不成立，本院不予采信。但本案中，铁路公司一、二审中均认可已交付机井按1432.4米、1682.34元/米计价，经计算为2409783.816元，该数额系铁路公司的自认，为减少诉累，本院对该数额予以确认，铁路公司于本判决生效之日起三十日内向远景公司支付机井工程变更增加工程款2409783.816元。如远景公司另有其他证据证明还有未认定的机井工程款，可另行主张。远景公司的该主张部分成立，本院予以支持。
二是关于未交付废井能否计价问题。本案中，远景公司除了主张上述已交付机井造价1432.4万元外，还主张废井按深度470米、1万元/米计价为470万元，铁路公司对此不予认可。本院认为，根据案涉工程《招标文件》第四章合同条款及格式第二节专用合同条款4.1承包人的一般义务“4.1.10c.承包人应对全部现场作业和施工方法的适用性、可靠性和安全性承担全部责任”、5.1承包人提供的材料和工程设备“5.1.2上述材料及设备的暂估价已包含在投标报价中，采购材料及设备须达到发包人暂估价表中的标准等级及以上的规格和标准要求”的约定以及第五章工程量清单2.投标报价说明“2.18《主要材料暂估价表》”所示机井（20m）作为材料列项可知，远景公司作为承包人，应对全部现场作业和施工方法的适用性、可靠性和安全性承担全部责任，并应向铁路公司交付达到标准的机井，而废井既没有交付也无法使用，同时，针对该470米并无相应的设计变更签证单来证实，对其计价缺乏相应的事实、合同依据，故，远景公司的该主张不成立，本院不予支持。
二、关于营改增调整工程税率增加工程造价159.65万元应否支持的问题
远景公司认为，根据青建工（2016）140号文件，营改增后，2016年5月1日以后的工程项目造价以税前价乘以11%确定，而本案涉及的建设施工合同还是以原来的3.36%（一审起诉状3.41%系书写错误）税率计算，故，应按新的造价计算公式进行调整，调整后，工程款增加159.65万元，该费用有生效判决可供参考。庭审中远景公司提交该部分的计算方式为24226772.1元×（11%-3.41%），庭后又提交计算方式为24226772.1元×（11%-3%），并明确起诉状及庭审计算均错误，以庭后提交的计算方式为准，同时，明确该部分费用并不含机井增加造价1902.4万元。
铁路公司认为，远景公司的投标报价中已含3.36%的税费，且根据营业税改征增值税文件精神，远景公司作为跨县（市）提供建筑服务的企业，可选择一般计税法按2%预缴税款，也可选择简单计税法按3%计算纳税额，无论如何选择均不超过3.36%；远景公司虽提交其按照11%预交增值税方面的证据，但看不出是否抵扣进项税额，无法证明营改增导致其税负增加的事实，实则是否产生税负增加、抵扣相应税费后综合税率是多少均不确定；同时，双方签订的合同为固定总价合同。
本院认为，税收具有法定性，我国税收相关法律对税种、税率、税额等具有强制性规定，当事人之间的约定不得违反法律、行政法规的强制性规定。《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税[2016]36号，以下简称《通知》）规定，营业税改征增值税自2016年5月1日起全面实施，该《通知》附件1《营业税改征增值税试点实施办法》规定建筑增值税税率为11%，并规定了应纳税额的计算，其中，一般计税方法应纳税额=当期销项税额-当期进项税额，同时，规定简易计税方法的应纳税额不得抵扣进项税额；该《通知》附件2《营业税改征增值税试点有关事项的规定》还规定营业税改征增值税试点期间，试点纳税人有关政策，其中，（七）建筑服务规定“4.一般纳税人跨县（市）提供建筑服务，适用一般计税方法计税的，应以取得的全部价款和价外费用为销售额计算应纳税额，纳税人应以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照2%的预征率在建筑服务发生地预缴税款后，向机构所在地主管税务机关进行纳税申报。5.一般纳税人跨县（市）提供建筑服务，适用简易计税方法计税的，应以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额为销售额，按照3%的征收率计算应纳税额。纳税人应按照上述计税方法在建筑服务发生地预缴税款后，向机构所在地主管税务机关进行纳税申报”。青海省住房和城乡建设厅《关于建筑业实施营业税改增值税后调整青海省建设工程计价依据的通知》（青建工[2016]140号）中，针对我省建筑业营改增作出规定，其中，规定“本次调整后的建设工程计价依据适用于我省行政区域内，合同开工日期为2016年5月1日以后的建设工程发承包项目”“本通知中的计价依据调整办法适用于采用一般计税方法计税的建设工程”。结合本案中，双方认可案涉工程于2016年5月1日后开工建设，远景公司作为一般纳税人纳税，故，案涉工程应按上述文件精神由营业税改征增值税，采用一般计税法计算应纳税额。从远景公司提交的八张增值税发票看其直接按税率11%纳税，并未按照《通知》附件2对建筑服务试点纳税人有关政策进行纳税。至于远景公司直接按税率11%纳税是否增加工程造价以及造成其税负，因营业税与增值税是不同税种，增值税涉及销项税额、进项税额，并非远景公司简单将营业税与增值税二者相减后计算得出，其计算方式不符合上述文件规定，远景公司对此也未提交其他证据，故，对其该部分的主张现缺乏相关证据证明，本院不予支持。对远景公司提交本院（2020）青民再129号民事判决书印证工程造价应予调整的理由，因再审案件涉及的该部分事实经过鉴定确认，具有一定的事实依据，而本案远景公司计算无相应依据，本院对该证据的证明力不予采信；对铁路公司认为案涉工程为固定总价合同不予调整以及按《通知》附件2选择一般计税法或选择简单计税法计算纳税额均不超过3.36%的理由，不符合上述文件规定精神，本院不予采信。一审法院此节说理分析不符合上述文件规定精神，且经本院查明远景公司对此节的主张并不含机井工程变更增加款以及一审中提交了增值税发票的事实，一审法院对此认定事实错误，本院予以纠正。
三、关于人工费单价调整增加96.3526万元应否支付的问题
远景公司认为，施工期间，青海省工程预算造价中人工费单价做了调整，按照文件和新的人工费单价表，增加人工费96.3526万元，一审判决后其认可一审法院认定的72.2644万元。
铁路公司认为，案涉合同专用条款明确约定合同价款为固定总价，除因工程内容增加或减少的情况外不予变更，案涉工程不存在工程内容增加或减少的情况，因此谈不上变更问题；专用条款还约定物价波动引起的价格不调整，根据《建设工程量清单计价规范》建设工程领域所指物价包括人工，即双方已经约定了因人工费的增加或减少不调整合同价款；远景公司也未具体说明其增加人工费如何产生、计算，一审法院也释明对此应鉴定确定，但其未申请鉴定。
本院认为，案涉合同专用条款15.1变更的范围和内容“除因发包人增加或减少额外工程或因政策性调整致使工程内容增加或减少的情况外，其余情况均不予变更，具体变更范围及内容在签订合同时约定”的约定，系对案涉工程变更情况的具体约定，其中涉及政策性调整致使工程内容增加或减少的情况可以进行变更，青海省住房和城乡建设厅《关于调整青海省建设工程预算定额人工费单价的通知》（青建工[2016]443号）对我省建设工程预算定额人工单价进行调整，该文件虽属政策性调整，但结合上述合同约定，人工费本身并不影响工程内容的增加或减少，案涉工程又是固定总价合同，故，远景公司此节主张没有合同依据，本院不予支持。铁路公司此节的上诉请求成立，本院予以支持。一审法院此节认定事实错误，本院予以纠正。
四、关于合同约定奖励金30万元应否支付的问题
远景公司认为，合同虽约定优良奖励金，但在合同中作为合同价款的组成部分，已转化为工程款。中标通知书和施工合同的合同价就是投标报价加10%暂列金加奖励金组成。
铁路公司认为，从中标通知书看，合同价由奖励金等三部分组成，施工合同里也没有表述奖励金，奖励金也不是必然发生，现有2018年10月、11月两份期中支付报表由远景公司制作提供，其中10月报表中确实同意支付30万元，但11月报表又扣回了，因根据双方签订的相关会议纪要，远景公司在施工过程中存在很多违约情况，不具备获得奖励金的基本条件、最终没有通过奖励金考核，在这种情况下，双方已经认可奖励金不再支付，且通过合同的履行双方已经明确奖励金不再支付。
本院认为，虽然《施工合同协议书》《中标通知书》中将奖励金30万元作为合同价款组成部分，且远景公司制作的2018年11月之前的《工程价款中期支付报表》均明确列明该30万元累计支付，但其后，远景公司于2018年11月制作的《工程价款中期支付报表》中将该30万元扣除，该报表并经监理单位、铁路公司审核批准。故，远景公司、铁路公司已达成将该30万元调整退还的合意，双方应按此约定履行，现远景公司主张铁路公司向其支付缺乏事实依据，本院不予支持。铁路公司此节的上诉请求成立，本院予以支持。一审法院此节认定事实错误，本院予以纠正。
另，根据《最高人民法院关于适用时间效力的若干规定》第一条第二款“民法典施行前的法律事实引起的民事纠纷案件，适用当时的法律、司法解释的规定，但是法律、司法解释另有规定的除外”的规定，本案建设工程的事实发生在民法典施行前，应适用当时的法律、司法解释的规定，但一审法院依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》《中华人民共和国民法典》的相关规定认定相关事实，系适用法律不当，本院予以纠正。
综上所述，上诉人远景公司、上诉人铁路公司的上诉请求均部分成立，本院予以支持；一审法院认定部分事实错误，适用法律不当，本院予以纠正。本院依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第二项，《最高人民法院关于适用的解释》第九十条、第九十二条第一款，《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第三十一条第二款规定，判决如下：
本案裁判结果
一、维持青海省海南藏族自治州中级人民法院（2020）青25民初7号民事判决第三项：驳回被告（反诉原告）青海地方铁路建设投资有限公司请求原告（反诉被告）陕西远景工程有限公司承担迟延工期违约金1180000元的反诉请求；
二、撤销青海省海南藏族自治州中级人民法院（2020）青25民初7号民事判决第一项、第二项，即：被告（反诉原告）青海地方铁路建设投资有限公司于本判决生效之日起60日内支付原告（反诉被告）陕西远景工程有限公司增加工程款1022644元，同时增加工程款1022644元自2018年8月1日起至给付之日止的利息（利息按银行同期贷款利息计算）；驳回原告（反诉被告）陕西远景工程有限公司的其他诉讼请求；
三、青海地方铁路建设投资有限公司于本判决生效之日起三十日内向陕西远景工程有限公司支付机井工程变更增加工程款2409783.816元；
四、驳回陕西远景工程有限公司的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审案件受理费按照一审判决收取。二审案件受理费28007.6元，由陕西远景工程有限公司负担24450.63元，由青海地方铁路建设投资有限公司负担3556.97元。
本判决为终审判决。
