1、对故意设置不合格军事设施罪，处罚标准为五年以下有期徒刑或者拘役；情节严重的，处五年至十年有期徒刑；情节特别严重的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。犯本罪的单位，处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照第1款的规定处罚。
2、情节严重，是指提供不符合条件的武器装备、军事设施、提供重要武器装备、军事设施不合格的、战时提供不合格武器装备、军事设施的、提供不合格武器装备、军事设施的、影响部队完成重要任务或造成严重后果的情形。
3、特别严重的情况，是指战时提供的重要武器装备和军事设施不合格的，因提供不合格的武器装备、军事设施，致使战斗或战役遭受重大损失的，严重影响部队的重要任务或特别严重后果。
