同居者子女的抚养权归谁的问题实际上属于民事问题,因此,双方当然可以就同居生子女的抚养权归属达成协议。也就是说,同居生子女的抚养权归谁这样的问题,一般是先由父母协商决定。对于同居生子女的抚养权,双方难以达成一致意见,可以通过提起诉讼请求法院判决来决定。