处理明知借款人进行非法活动而借款的方式是：该借贷关系无效，法院不予保护该借款。由于当事人之间订立的借贷合同是无效的，所以无效的合同自始不对当事人产生法律效力。
《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第十三条 具有下列情形之一的，人民法院应当认定民间借贷合同无效： （一）套取金融机构贷款转贷的； （二）以向其他营利法人借贷、向本单位职工集资，或者以向公众非法吸收存款等方式取得的资金转贷的； （三）未依法取得放贷资格的出借人，以营利为目的向社会不特定对象提供借款的； （四）出借人事先知道或者应当知道借款人借款用于违法犯罪活动仍然提供借款的； （五）违反法律、行政法规强制性规定的； （六）违背公序良俗的。
