补充协议与原合同冲突时应按下列方式处理：一般应以补充协议为准。补充协议是在合同生效后，当事人对没有约定或者约定不明确的事项而达成的协议。补充协议是对原合同内容的补充，具有优先性。
《中华人民共和国民法典》第五条 民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。 第五百一十条 合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
