摩托车被扣12分的，不会自动注销，驾驶人应当前往交通管理部门的指定地点进行道路交通安全法规学习并通过考试后十日内，参加道路驾驶技能考试，考试合格的，可以清除扣分并领回驾驶证。
《机动车驾驶证申领和使用规定》第六十八条机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分达到12分的，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证。
机动车驾驶人应当在十五日内到机动车驾驶证核发地或者违法行为地公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。机动车驾驶人参加学习后，车辆管理所应当在二十日内对其进行道路交通安全法律、法规和相关知识考试。考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证；考试不合格的，继续参加学习和考试。
机动车驾驶人在一个记分周期内有两次以上达到12分或者累积记分达到24
