两个公司上班在个人所得税缴纳上，应先在申报时填制《个人所得税两处或两处以上工资、薪金所得纳税申报表》。将各处取得工资、薪金所得合并后，按税法规定的税率计算出应纳税额，送去单位发放时代扣代缴的个税额后，为自行申报补缴个税款。
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第二十八条居民个人取得工资、薪金所得时，可以向扣缴义务人提供专项附加扣除有关信息，由扣缴义务人扣缴税款时减除专项附加扣除。纳税人同时从两处以上取得工资、薪金所得，并由扣缴义务人减除专项附加扣除的，对同一专项附加扣除项目，在一个纳税年度内只能选择从一处取得的所得中减除。
