发生工程机械合同纠纷的注意事项是：采用协商、申请仲裁、诉讼等合法的方式来解决纠纷；不能超过三年的诉讼时效期间；以及要依法收集相关的证据材料，来证明本人的主张。
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条 向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。 诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。 《中华人民共和国仲裁法》第二条 平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
