非法占用农用地罪的立案标准是：非法占用基本农田五亩以上；基本农田以外的耕地十亩以上；防护林地或者特种用途林地五亩以上；其他林地十亩以上；或者具有非法占用其他农用地数量较大的情形的，公安机关应当予以立案。
《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）》第六十七条 违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，造成耕地、林地等农用地大量毁坏，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉： （一）非法占用基本农田五亩以上或者基本农田以外的耕地十亩以上的； （二）非法占用防护林地或者特种用途林地数量单种或者合计五亩以上的； （三）非法占用其他林地十亩以上的； （四）非法占用本款第（二）项、第（三）项规定的林地，其中一项数量达到相应规定的数量标准的百分之五十以上，且两项数量合计达到该项规定的数量标准的； （五）非法占用其他农用地数量较大的情形。
