处罚工程质量问题的方式是：如果勘察、设计单位或者工程监理单位有过错的，可以处合同约定的勘察费、设计费或者监理酬金一定倍数的罚款；如果施工单位有过错的，可以对施工单位处工程合同价款一定比例的罚款等。
《建筑工程质量管理条例》第六十五条 违反本条例规定，施工单位未对建筑材料、建筑构配件、设备和商品混凝土进行检验，或者未对涉及结构安全的试块、试件以及有关材料取样检测的，责令改正，处10万元以上20万元以下的罚款；情节严重的，责令停业整顿，降低资质等级或者吊销资质证书；造成损失的，依法承担赔偿责任。 《建筑工程质量管理条例》第六十六条 违反本条例规定，施工单位不履行保修义务或者拖延履行保修义务的，责令改正，处10万元以上20万元以下的罚款，并对在保修期内因质量缺陷造成的损失承担赔偿责任。
