处理铁路工程质量事故的方法是：如果造成工程质量大事故以上等级，对事故责任单位进行资质处罚，对事故直接责任单位的负责人、直接责任人给予处罚；触犯刑法的，依法承担刑事责任
《铁路建设工程质量事故处理规定》第二十三条 对造成工程质量大事故以上等级的事故责任单位，按企业资质管理规定进行资质处罚。对造成工程质量大事故以上等级，并负有全部责任、主要责任、重要责任的单位，按有关规定处以暂停投标资格的处罚。 《铁路建设工程质量事故处理规定》第二十四条 依据《建设工程质量管理条例》，对质量事故直接责任单位的负责人、直接责任人给予处罚。触犯刑律的，移送司法机关追究刑事责任。负有直接责任的注册建筑师、注册结构工程师、注册岩土工程师、监理工程师等执业人员，按有关规定处以停止执业、吊销执业资格证书、终身不予注册等处罚。
