单位与劳动者协商一致后签订劳动合同补充协议的行为，一般是合法的。经用人单位和劳动者双方当事人协商同意，可以对劳动合同内容作部分修改、补充或者删减。
《中华人民共和国劳动合同法》第二十九条 用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。 第三十五条 用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。变更后的劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。
