自诉案件中的被告人下落不明的，人民法院应当说服自诉人撤回起诉。如果自诉人不撤回起诉的，那么会裁定不予受理。一般情况下，对自诉案件，人民法院应当在十五日内审查完毕。经审查，符合受理条件的，应当决定立案，并书面通知自诉人或者代为告诉人。
《最高人民法院关于适用<中华人民共和国刑事诉讼法>的解释》第二百六十三条 对自诉案件，人民法院应当在十五日内审查完毕。经审查，符合受理条件的，应当决定立案，并书面通知自诉人或者代为告诉人。具有下列情形之一的，应当说服自诉人撤回起诉；自诉人不撤回起诉的，裁定不予受理： （一）不属于本解释第一条规定的案件的； （二）缺乏罪证的； （三）犯罪已过追诉时效期限的； （四）被告人死亡的； （五）被告人下落不明的； （六）除因证据不足而撤诉的以外，自诉人撤诉后，就同一事实又告诉的； （七）经人民法院调解结案后，自诉人反悔，就同一事实再行告诉的。
