如果用人单位丢失职工的档案，侵害了职工的合法权益，由用人单位担责。用人单位应当确定档案机构或者档案工作人员负责管理本单位的档案，并对所属单位的档案工作实行监督和指导；应当建立科学的管理制度，便于对档案的利用；按照国家有关规定配置适宜档案保存的库房和必要的设施、设备，确保档案的安全。
《中华人民共和国档案法》第九条 机关、团体、企业事业单位和其他组织应当确定档案机构或者档案工作人员负责管理本单位的档案，并对所属单位的档案工作实行监督和指导。 中央国家机关根据档案管理需要，在职责范围内指导本系统的档案业务工作。
