用人单位因劳动者漏打卡而扣工资，如果单位公示的规章制度中有相关规定，且扣除的数额合理的，是合法。对于违纪行为，单位有权作出处理；若严重违纪的，单位还可以依法与劳动者解除劳动合同。
《工资支付暂行规定》第七条
工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。
第九条
劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
