有限公司股东变更的办理流程是：
1、开股东会，形成《股东会决议》；
2、修改公司章程，形成《公司章程变更决议》；
3、由会计师事务所出具《验资报告》；
4、到工商局申请变更登记，填写《注册变更申请表》，提交原营业执照正副本，股东会决议，公司章程变更决议，验资报告。
5、换发营业执照。
根据《公司登记管理条例》第二十六条规定，公司变更登记事项，应当向原公司登记机关申请变更登记。
未经变更登记，公司不得擅自改变登记事项。
