两者在犯罪对象.犯罪行为方容易混淆，其主要区别在于：
1.不同的侵权对象。前者侵犯国家金融管理制度；后者侵犯国家机关、企事业单位、人民团体的正常管理活动。
2.犯罪对象不完全相同。前者的对象是金融机构的营业执照；后者的对象是公文、证件和印章。当然，金融机构的营业执照也是一种证件，因此两者在犯罪对象之间有交叉点。
3.行为方式并不完全相同。前者除伪造、变造外，还有转让；后者除伪造、变造外，还有销售、盗窃、抢劫、毁灭。在实践中，如果是伪造、变造、转让金融机构营业执照，虽然金融机构营业执照也在证书中，但由于立法的特殊规定，应当伪造、变更、转让金融机构营业执照罪。
行为人盗窃、抢劫、毁灭金融机构营业执照的，应当以盗窃、抢劫、毁灭国家机关公文、证件、印章罪论处。我国法律上的金融机构营业执照由专门的金融管理部门确定，一般由中国人民银行实施管理职能，涉及具体的违法事实后果，也需要根据上述不同情况量刑，具体情况由法院确定。
《中华人民共和国刑法》第二百八十条【伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章罪】【盗窃、抢夺、毁灭国家机关公文、证件、印章罪】伪造、变造、买卖或者盗窃、抢夺、毁灭国家机关的公文、证件、印章的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处罚金;情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。【伪造公司、企业、事业单位、人民团体印章罪】伪造公司、企业、事业单位、人民团体的印章的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处罚金。【伪造、变造、买卖身份证件罪】伪造、变造、买卖居民身份证、护照、
