商业用地征用过程中涉及的主要问题是房屋拆迁。当地拆迁部门应当公布房屋拆迁补偿标准和补偿方法。房屋拆迁补偿包括：房屋补偿和宅基地补偿。
有营业执照的门面房、个体户、营业用房应当按照商业用房的性质进行补偿。
商品房补偿远高于住宅用房，要补偿停产停业损失、装修费用、拆迁过渡费、安置等，要积极争取。
如果补偿金额过低或不合理，建议聘请专业拆迁律师通过政府信息披露、行政复议、行政诉讼、谈判、与中央电视台等知名有影响力的媒体合作曝光等方式进行权利保护。
《中华人民共和国土地管理法》第四十七条征收土地的，按照被征收土地的原用途给予补偿。征收其他土地的土地补偿费和安置补助费标准，由省、自治区、直辖市参照征收耕地的土地补偿费和安置补助费的标准规定。被征收土地上的附着物和青苗的补偿标准，由省、自治区、直辖市规定《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条对被征收人的补偿包括：（一）被征收房屋价值的补偿；（二）因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；（三）因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。
