卫生行政部门在医疗纠纷中应当履行以下职责：
1.发生重大医疗纠纷的，卫生主管部门应当及时了解情况，引导医患双方通过合法渠道解决纠纷；
2.医患双方申请医疗纠纷行政调解的，卫生主管部门应当自收到申请之日起5个工作日内作出是否受理的决定。
《医疗纠纷预防和处理条例》第四十条医患双方申请医疗纠纷行政调解的，应当参照本条例第三十一条第一款、第二款的规定向医疗纠纷发生地县级人民政府卫生主管部门提出申请。
卫生主管部门应当自收到申请之日起5个工作日内作出是否受理的决定。当事人已经向人民法院提起诉讼并且已被受理，或者已经申请医疗纠纷人民调解委员会调解并且已被受理的，卫生主管部门不予受理；已经受理的，终止调解。
卫生主管部门应当自受理之日起30个工作日内完成调解。需要鉴定的，鉴定时间不计入调解期限。超过调解期限未达成调解协议的，视为调解不成。
