根据刑法第174条第2款（刑法修正案第3条第2款），犯本罪的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚款；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚款。第三款规定，单位犯本罪的，依照个人犯罪的规定，对单位处以罚款，直接负责的主管人员和其他直接责任人员处以处罚。情节严重的，最高司法机关应当在总结司法实践经验的基础上，通过司法解释明确。一般来说，严重的情况应包括以下情况：
(1)多次伪造.变造.转让营业执照或批准文件；
(2)伪造.变更营业执照或批准文件数量较大的；
(3)伪造.变更营业执照或批准文件再次出售.出租；
(4)使用伪造.变更.转让营业执照或批准文件进行经营，严重干扰国家金融秩序；
(5)利用伪造.变造.转让营业执照或批准文件进行诈骗；
(6)利用伪造.变更.转让营业执照或者批准文件经营，给客户.经营单位造成重大经济损失或者其他严重后果的。加重处罚的原因是伪造.变更.转让金融机构营业执照.批准文件罪，情节严重的，是本罪加重处罚的原因。这里的情节很严重，是指伪造。变更多个金融机构的营业执照。批准文件，或者造成严重后果；或者多次转让金融机构的营业执照。批准文件，或者造成严重后果。在适用罪时，应注意区分伪造.变更.转让金融机构的营业执照罪和伪造.变更.销售国家机关的公文.证件.印章罪和盗窃.抢劫.摧毁国家机关的公文.证件.印章罪的界限。两者在犯罪对象和犯罪方式上都很容易混淆，主要区别在于：
1.不同的侵权对象。前者侵犯国家金融管理制度；后者侵犯国家机关、企事业单位、人民团体的正常管理活动。
2.犯罪对象不完全相同。前者的对象是金融机构的营业执照；后者的对象是公文、证件和印章。当然，金融机构的营业执照也是一种证件，因此两者在犯罪对象之间有交叉点。
3.行为方式不完全相同。前者除伪造.变造外，还有转让；后者除伪造.变造外，还有买卖.盗窃.抢劫、毁灭。
在实践中，如果是伪造.变更.转让金融机构营业执照，虽然金融机构营业执照也在一种证书中，但由于立法的特殊规定，应当伪造.变更.转让金融机构营业执照罪。
行为人盗窃、抢劫、销毁金融机构营业执照的，应当以盗窃、抢劫、销毁国家机关公文、证件、印章罪论处。转让金融机构的文件是国家批准的非法转让文件。要成立的，金融机构必须经有关部门审查，不得擅自转让通过的金融机构文件。这将对咨询金融机构的客户造成一定的欺骗，这是违法的。
《刑法》第一百七十四条规定，未经国家有关主管部门批准，擅自设立商业银行、证券交易所、期货交易所、证券公司、期货经纪公司、保险公司或者其他金融机构的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处二万元以上二十万元以下罚金；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金。
伪造、变造、转让商业银行、证券交易所、期货交易所、证券公司、期货经纪公司、保险公司或者其他金融机构的经营许可证或者批准文件的，依照前款的规定处罚。
