在交通事故中，受害人遭受肛门损伤的，可以申请残疾鉴定。根据有关法律、法规的规定，当事人有权向人民法院申请残疾鉴定等专业问题的鉴定。申请后，双方应当协商确定鉴定机构。协商不由人民法院指定。
《民事诉讼法》第七十六条 当事人可以就查明事实的专门性问题向人民法院申请鉴定。当事人申请鉴定的，由双方当事人协商确定具备资格的鉴定人；协商不成的，由人民法院指定。 当事人未申请鉴定，人民法院对专门性问题认为需要鉴定的，应当委托具备资格的鉴定人进行鉴定。
《道路交通事故处理程序规定》第三十九条 卫生行政主管部门许可的医疗机构具有执业资格的医生为道路交通事故受伤人员出具的诊断证明，公安机关交通管理部门可以作为认定人身伤害程度的依据。
