可以适用，2014年通过的最新行政诉讼法最大的亮点之一就是将行政合同明确纳入到行政诉讼的受案范围。此前，行政合同究竟适用何种诉讼程序一直是学界争议的焦点，法院在审判实践中多将因行政合同争议引起的纠纷适用民事诉讼程序。
新的行政诉讼法关于行政诉讼受案范围第十二条第一款第十一项明确规定;“认为行政机关不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除政府特许经营协议、土地房屋征收补偿协议等协议的”。
最高人民法院关于适用《中华人民共和国行政诉讼法》若干问题的解释第十一条第一款“行政机关为实现公共利益或者行政管理目标，在法定职责范围内，与公民、法人或者其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议，属于行政诉讼法第十二条第一款第十一项规定的行政协议”。
