犯本罪的，处五年以上十年以下有期徒刑；其他积极参与的，处五年以下有期徒刑、拘役、控制或者剥夺政治权利。本罪只追究主要分子和积极参与者的刑事责任，而不追究一般参与者。主要分子是指组织、规划、指挥犯罪活动的犯罪分子；积极参与是指主动参与军事禁区犯罪活动，在实施犯罪中发挥重要作用或者其他犯罪行为的。对于影响军事禁区的主要分子，在判处主刑时，一般也应当附加剥夺政治权利。
《刑法》第三百七十一条的规定：“聚众冲击军事禁区，严重扰乱军事禁区的，对首要分子，处五年以上十年以下有期徒刑；对其他积极参加的，处五年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。聚众扰乱军事管理区秩序，情节严重，致使军事管理区工作无法进行，造成严重损失的，对首要分子，处三年以上七年以下有期徒刑；对其他积极参加的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。”
