土地使用权出让金的确定有三个过程：
第一是估价过程。在这个过程中，政府选择有土地估价资格的中介机构对拟出让的土地进行地价评估。
第二是确定出让底价过程。在这个过程中，政府根据其产业政策和其他有关政策，对土地估价结果进行修订，形成出让底价。出让底价的作用在于政府出让土地使用权时，如果有意受让人的出价低于出让低价，政府将不予出让土地使用权。
第三是批准过程。由于我国各级政府对出让土地使用权有不同的审批权限，所以，有的出让土地的出让价是下级政府与受让方商定的，但最后的确定权在有批准权的上级政府。
《用于农业土地开发的土地出让金收入管理办法》第二条土地出让金用于农业土地开发的比例，由各省、自治区、直辖市及计划单列市人民政府根据不同情况，按各市、县不低于土地出让平均纯收益的15%确定。从土地出让金划出的农业土地开发资金计算公式为：从土地出让金划出的农业土地开发资金=土地出让面积×土地出让平均纯收益征收标准(对应所在地征收等别)×各地规定的土地出让金用于农业土地开发的比例(不低于15%)。《中华人民共和国土地管理法》第五十五条
