农民自建房屋的店铺拆迁可以获得赔偿，拆迁单位应当按照规定的标准向被拆迁房屋的所有人或者用户支付各种赔偿金。一般有：
（1）房屋补偿费（房屋重置费）用于补偿被拆迁房屋所有人的损失，按平方米单价计算被拆迁房屋的结构和折旧程度。
（2）周转补偿费用用于补偿被拆迁房屋居民临时住房或自找临时住所的不便，并根据被拆迁房屋居民的人口，根据临时居住条件进行分类和补贴。
（3）鼓励被拆迁房屋居民积极协助民积极协助房屋拆迁或主动放弃自愿迁入郊区或不要求拆迁单位安置房屋的权利，房屋拆迁补偿标准由当地人民政府根据当地实际情况和国家有关法律政策确定。宅基地区位补偿价格、被拆迁房屋重置为新价格结构计算公式为：房屋拆迁补偿价格=宅基地区位补偿价格×宅基地面积被拆迁房屋重置为新价格。
《城市房屋拆迁管理条例》《中华人民共和国侵权责任法》 第十九条 侵害他人财产的，财产损失按照损失发生时的市场价格或者其他方式计算 《中华人民共和国民事诉讼法》 第七十六条 当事人可以就查明事实的专门性问题向人民法院申请鉴定。当事人申请鉴定的，由双方当事人协商确定具备资格的鉴定人；协商不成的，由人民法院指定。当事人未申请鉴定，人民法院对专门性问题认为需要鉴定的，应当委托具备资格的鉴定人进行鉴定。
