非法自建房屋拆迁补偿的参考依据是《国有土地房屋征用补偿条例》。根据《条例》，拆迁人在拆除非法建筑时，不得依法给予补偿。非法建筑物内的财产可以独立于非法建筑物，是非法建筑物的合法财产，应当依法保护。拆迁人在拆除非法建筑物的过程中，不得侵犯非法建筑物内的合法财产权益，否则应当承担法律责任。拆迁人应当依法向非法建筑物支付拆迁补贴。拆迁补贴包括搬迁补贴、临时安置补贴等费用。
拆迁人员不得因违法建筑物拒绝向违法建筑物支付拆迁补贴和临时安置补贴等费的要求。违反土地利用总体规划，擅自占用农业用地建造房屋，改变土地性质的，由县级以上人民政府土地性质主管部门，即国土资源局对违法建造房屋的当事人给予行政处罚；责令退还非法占用土地，限期拆除或者没收非法占用土地上建造的房屋，恢复土地原貌；并处以罚款。非法建设，可以拆除，即使支付罚款，当地有关部门对非法建设不满意，也可以依法拆除自建房屋。
《城市房屋拆迁管理条例》第二十二条：拆迁人应当依照本条例规定，对被拆迁人给予补偿。
拆除违章建筑和超过批准期限的临时建筑，不予补偿；拆除未超过批准期限的临时建筑，应当给予适当补偿。
