司法实践中，认定背信损害上市公司利益罪应该注意区分罪与非罪，一罪与数罪的界限。
1、背信损害上市公司利益罪的罪与非罪的界限正确认定背信损害上市公司利益罪，必须划清其与一般违法行为的界限，在认定中，应该注意以下三点：
(1)由于经济活动中存在一定风险的客观使然，若行为主体所实施的行为是在法规、章程规定的范围之内，且行为人既没有滥用权利，也没有违背忠实义务，造成了一定的财产损失，就不能构成本罪。若上市公司为谋求高利润授权由行为人处理相关事务，而自愿甘冒高风险，则行为人为其处理风险事务，即使已超出一般依法之事务处理范围，亦因本人同意，而可阻却违法。
(2)本罪属于结果犯，即只有行为主体实施背信行为致使公司财产遭受重大损失，实施其他行为及时补救，并没有使全体财产减少，都不成立本罪。
(3)如果根据案件事实，确属情节显著轻微危害不大的，没有对上市公司造成重大财产损失的。应根据刑法13条的规定，不以犯罪论处，而作为一般违法行为处理。
2、上市公司的控股股东或者实际控制人，指使上市公司高管实施背信行为该如何定罪处罚的问题《刑法修正案(六)》第9条第二款规定：“上市公司的控股股东或者实际控制人，指使上市公司董事、监事、高级管理人员实施前款行为的，依照前款的规定处罚。”尽管该款未明确说明“依照前款的规定定罪量刑”，但是，上市公司的控股股东或者实际控制人，指使上市公司高管实施背信行为的，实际上是本罪的教唆犯。由于我国刑法没有独立的教唆罪，而应根据所教唆的具体犯罪内容定性，所以直接以本罪论处，而不需要另订罪名。就为大家介绍到此。应注意的是，背信损害上市公司利益罪是结果犯，必须由于背信行为“致使上市公司造成利益遭受重大损失”的才构成该罪。能够构成此罪的往往都是特殊的主体，包括上市公司的董事、监事、高级管理人员等等。
《中华人民共和国刑法》第一百六十九条
之一【背信损害上市公司利益罪】上市公司的董事、监事、高级管理人员违背对公司的忠实义务，利用职务便利，操纵上市公司从事下列行为之一，致使上市公司利益遭受重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金;致使上市公司利益遭受特别重大损失的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金：(一)无偿向其他单位或者个人提供资金、商品、服务或者其他资产的;(二)以明显不公平的条件，提供或者接受资金、商品、服务或者其他资产的;(三)向明显不具有清偿能力的单位或者个人提供资金、商品、服务或者其他资产的;(四)为明显不具有清偿能力的单位或者个人提供担保，或者无正当理由为其他单位或者个人提供担保的;(五)无正当理由放弃债权、承担债务的;(六)采用其他方式损害上市公司利益的。上市公司的控股股东或者实际控制人，指使上市公司董事、监事、高级管理人员实施前款行为的，依照前款的规定处罚。犯前款罪的上市公司的控股股东或者实际控制人是单位的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照第一款的规定处罚。
