如果农村宅基地证丢失，可以向住房管理部门申请补发。具体补发流程如下:
1.原《房屋所有权证》首次登报声明作废，登报后张贴公告征求异议；
2.10日后，如无异议，由业主申请所属镇规划建设管理站工作人员到现场测量；
3.房屋所有人提供身份证.户口簿复印件.登记声明作废报纸原件.村委会证明等相关材料；
4.申请重新申请房屋所有权证书。中国规定，使用此类宅基地，相关用户只有使用权，没有使用权。农村集体财产的宅基地只能在集体成员之间流通，不能自行买卖。还规定，先关的宅基地属于个人财产，相关宅基地的子女可以相应继承。
《土地管理法》第十一条规定，农民集体所有的土地，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认所有权。
农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认建设用地使用权。
单位和个人依法使用的国有土地，由县级以上人民政府登记造册，核发证书，确认使用权；其中，中央国家机关使用的国有土地的具体登记发证机关，由国务院确定。
确认林地、草原的所有权或者使用权，确认水面、滩涂的养殖使用权，分别依照《中华人民共和国森林法》、《中华人民共和国草原法》和《中华人民共和国渔业法》的有关规定办理。
