主要有三点:
①非法出具金融票证罪可以涉及金融机构的信用证、保函、票据、存单、资信证明等多种金融业务,而对违法票据承兑、付款、保证罪只涉及金融机构的票据业务,不涉及其它金融业务;
②非法出具金融票证罪的行为是金融机构或者金融机构工作人员提供信用证、保函、票据、存单、资信证明等各种金融票证,如果仅就票据业务而言,只涉及票据的出票行为;而对违法票据承兑、付款、保证罪的具体行为,要涉及承兑、保证两种票据行为和付款这一票据流通环节。付款不是法定的票据行为,因为票据付款不能引起票据权利义务关系的发生,相反,票据付款
《关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定(二)》
第四十五条[对违法票据承兑、付款、保证案(刑法第一百八十九条)]银行或者其他金融机构及其工作人员在票据业务中,对违反票据法规定的票据予以承兑、付款或者保证,造成直接经济损失数额在二十万元以上的,应予立案追诉。