《财政部、国家税务总局关于财政性资金、行政事业性收费、政府性基金有关企业所得税政策问题的通知》(财税[2008]151号)文件第一条规定：“企业取得的各类财政性资金，除属于国家投资和资金使用后要求归还本金的以外，均应计入企业当年收入总额。本条所称财政性资金，是指企业取得的来源于政府及其有关部门的财政补助、补贴、贷款贴息，以及其他各类财政专项资金，包括直接减免的增值税和即征即退、先征后退、先征后返的各种税收，但不包括企业按规定取得的出口退税款。”
上文为何只要求将直接减免的增值税作为企业收入而没有将其它直接减免的税款纳入呢?我们试通过若干举例来阐明。
例1：A演艺有限公司在越南举办音乐交响会，收取演出收入5000万元，发生相应支出3000万。
根据《财政部、国家税务总局关于个人金融商品买卖等营业税若干免税政策的通知》(财税[2009]111号)文件第三条规定：“对中华人民共和国境内单位或者个人在中华人民共和国境外提供建筑业劳务暂免征收营业税。”
假设将直接减免的营业税款作为企业所得税应税收入处理，则会计处理如下：
(1)
借：银行存款 5000万
贷：主营业务收入 5000万
(2)
借：主营业务成本 3000万
贷：银行存款等科目 3000万
(3)
借：营业税金及附加 150万
贷：应交税费-应交营业税 150万
(4)
借：应交税费——应交营业税 150万
贷：营业外收入——政府补助 150万
经上述会计处理后的此笔业务应纳税所得额：5000-3000-150 150=2000万元。
如果不对直接减免的营业税款作政府补助收入处理，则只需做(1)、(2)项会计分录，应纳税所得额依然为2000万元。
例2：B种子批零有限公司12月份购入种子100万公斤，价款100万元，取得增值税专用发票，进项税额13万元。当月批发销售种子50万公斤，开具普通发票60万元。
根据《财政部、国家税务总局关于若干农业生产资料征免增值税政策的通知》(财税[2001]113号)文件第一条规定：“批发和零售的种子、种苗、化肥、农药、农机免征增值税。”
如果不对直接减免的增值税销项税额作会计处理，则会计处理如下：
(1)
借：库存商品 113万元
贷：银行存款 113万元
(2)
借：银行存款 60万元
贷：主营业务收入 60万元
(3)
借：主营业务成本 56.5万
贷：库存商品 56.5万元
则此笔业务应纳税所得额：60-56.5=3.5万元。
而根据财税[2008]151号文件要求将直接减免的增值税作为应征企业所得税收入处理，则相应会计处理如下：
(1)
借：库存商品 100万元
应交税费——应交增值税(进项税额) 13万元
贷：银行存款 113万元
(2)
借：银行存款 60万元
贷：主营业务收入 53.1万元(60/1.13)
应交税费——应交增值税(销项税额) 6.9万元
(3)
借：应交税费——应交增值税(销项税额) 6.9万元
贷：营业外收入——政府补助 6.9万元
(4)因为50万公斤种子作了免税处理，所以相应进项税额予以转出
借：库存商品 6.5万元
贷：应交税费——应交增值税(进项税额转出) 6.5万元(13/2)
(5)结转种子销售成本
借：主营业务成本 53.25万元
贷：库存商品 53.25万元(106.5/2)
则此笔业务应纳税所得额：53.1 6.9-53.25=6.75万元。
为什么会出现两种会计处理方式造成应纳税所得额不同?其重要原因就是还有50万公斤种子尚未销售，相应的增值税进项税金6.5万元没有转入库存商品。
再假设次月剩余50万公斤种子以60万元价格全部销售完毕，不对直接减免增值税做会计处理，
(1)
借：银行存款 60万
贷：主营业务收入 60万
(2)
借：主营业务成本 56.5万
贷:库存商品 56.5万
应纳税所得额依然是3.5万元，连同上年12月份实现的所得额合计为7万元。
假设次月销售时会计处理体现直接减免的增值税金。
(1)
借：银行存款 60万元
贷：主营业务收入 53.1万元(60/1.13)
应交税费——应交增值税(销项税额) 6.9万元
(2)
借：应交税费——应交增值税(销项税额) 6.9万元
贷：营业外收入——政府补助 6.9万元
(3)
借：库存商品 6.5万元
贷：应交税费——应交增值税(进项税额转出) 6.5万元(13/2)
(4)
借：主营业务成本 59.75万元
贷：库存商品 59.75万元(53.25 6.5)
应纳税所得额:53.1 6.9-59.75=0.25万元,连同上年12月份实现的所得额合计7万元。
综上所述，之所以要对直接减免的增值税作出会计处理，就是因为增值税与其他税种不同，其进项税金的考虑将直接影响企业所得税应纳税所得额的正确确定。
