(1)两种保证的主体不同。支票保证的主体可以是支票上签名的人或其他第三人，但付款人不得为保证人；而支票付款保证的主体，只有支票上记载的付款人才能作为保证人。
(2)两种保证的款式不同。首先支票保证分为正式保证和略式保证，前项保证以“与担保同”等字样，或其他同义之习惯用语表示之，并由票据保证人签名，后项保证仅须保证人签名即可。而支票付款保证，没有正式保证和略式保证之分，一律要求以记载于支票正面的“保付”或其他表示付款的文字表示，且记载应附日期和付款人的签名。其次，两种“保证的文句”记载要求不同，支票保证要求以“与担保同”字样或其他同义语表示；支票付款保证则要求以“保付”或其他表示付款的文句表示。第三，两种保证文句的记载处所不同，支票保证的文句可以在支票上记载，也可以在其粘单上记载。在支票上记载，既可以在支票正面记载，也可以在支票背面记载(一般来说，如为背书人保证，应记载于背面，如为出票人保证，应在支票正面记载)；而支票付款保证的文句只能在支票正面记载。
(3)两种保证的条件要求不同。支票保证可以以支票金额的全部进行保证，也可以支票金额的一部分进行保证，即保证可以附条件，可以是单纯保证，也可以是不单纯保证；而支票付款保证只能是单纯保证、完全保证，不得对支票金额的一部分进行保证，即付款人只能按支票文义保付，如果保证时对支票上所记载的事项予以变更，则该变更记载的保证视为无记载，即付款保证无效。
(4)对两种保证人的支票追索权诉讼时效不同。就支票保证来说，持票人对保证人的追索权，自提示期间末日起经过6个月时，因时效而消灭；就支票付款保证来说，持票人对作出付款保证的付款人的支票请求权，自提示期间末日起经过一年时，因时效而消灭。
