特别程序与普通程序的不同在于：
1．一审终审。它不同于适用普通程序、简易程序审理的民事案件，不是二审终审，而是一审终审。人民法院适用特别程序审理的案件，自判决书送达之日起即发生法律效力，当事人不得上诉。
2．审判组织不同。特别程序原则上采用独任审判制。民事诉讼法规定，依照本章程序审理的案件，实行一审终审。选民资格案件或者重大、疑难的案件，由审判员组成合议庭审理；其他案件由审判员一人独任审理。
3．审限短。特别程序的审限原则上为30日。民事诉讼法规定，人民法院适用特别程序审理的案件，应当在立案之日起30日内或者公告期满后30日内审结。有特殊情况需要延长的，由本院院长批准。但审理选民资格的案件除外。
4．审理的目的不同。在特别程序中，人民法院审理案件的目的是对一定的民事权利或者法律事实加以确认，不解决民事权利义务争议。在普通程序中，人民法院审理的目的是解决民事争议，通过审判保护当事人的民事权益。这两种诉讼目的不同，采用的诉讼形式也不同，因此，民事诉讼法规定，人民法院在依照本章程序审理案件的过程中，发现本案属于民事权益争议的，应当裁定终结特别程序，并告知利害关系人可以另行起诉。
