《宗教活动场所管理条例》规定的宗教团体的权益主要包括：按其章程开展活动，认定宗教教职人员，编印宗教内部资料性出版物，举办宗教院校，选派和接受宗教留学人员，开展对外友好交往活动等。
《条例》规定的宗教活动场所的权益主要包括：成立管理组织，民主管理本场所的事务，举行宗教活动，举办社会公益事业，接受组织和个人的捐赠，编印宗教内部资料性出版物，经销宗教用品、艺术品和宗教出版物等。
《条例》规定的宗教教职人员的权益主要包括：主持宗教活动，从事宗教典籍整理，参加宗教活动场所管理组织、进行宗教文化研究和对外宗教交流活动等。
《条例》还明确了宗教团体、宗教活动场所的合法财产受法律保护，任何组织和个人不得侵占、哄抢、私分、毁坏或者非法查封、扣押、冻结、没收、处分，不得损毁宗教团体、宗教活动场所占有、使用的文物。因城市规划和重点过程建设需要，在拆迁宗教房产时，要充分协商，对被拆迁的宗教房产予以重建或者给予补偿。宗教团体、宗教活动场所依法享有国家规定的税收减免优惠。
《宗教活动场所管理条例》第十七条规定：“违反本条例规定，侵犯宗教活动场所合法权益的，由县级以上人民政府宗教事务部门提请同级人民政府责令停止侵权活动；造成经济损失的，应当依法赔偿损失。”
