公证员对于证据的认定享有相当大的自由裁量权，如前所述，公证证据的举证责任在于公证申请人，并且由公证员单方面对于证据作出最终的判断，因此，公证机构作为法律服务机构，应对申请人负责并且保护申请人的合法权益，同时对自身的行为应防止权力的滥用，因此，设定有关公证证据认定的一般标准显得相当重要。（一）主体标准所谓主体标准，是指公证申请人必须有证明材料证明其符合《公证程序规则》第9条对于公证当事人的要求，即以自己的名义向公证机构提出公证申请，与申请公证事项有法律上的利害关系。由于公证活动是以申请人的申请为基础的，因此申请人最先提供的证明材料大体能够证明申请人是符合规定的适格的当事人。例如，在受理申请人要求对于手机中所存储的短信进行证据保全的公证时，申请人首先应当提供证据证明该手机及手机号码是归其合法所有的，如提供购买手机的发票、电话费帐单、电信部门的有关证明等。（二）实体与程序标准所谓实体与程序标准，是指申请人提供的证据应该是以合法、真实为前提和基础的。虽然在《公证法》第27条中真实、合法、充分是并列的，但是如同本文第一部分所提到的，只有据以认定事实的证明材料才能被称为证据，合法和真实应当是公证机构认定证据是否充分的前提，即证据的充分应包含了合法和真实。从另外一个角度考虑，表面形式上再充分再完备的证明材料，如果它本身是虚假的或非法的，那么它也不能成为公证机构出具公证书的依据。
