原因主要有五种。当承包经营权合约中约定的承包期届满时，经营权则自动丧失，或是被因为某些原因导致被提前收回，在土地被征收的情况下也会丧失土地承包经营权。
《最高人民法院关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》第一条，下列涉及农村土地承包民事纠纷，人民法院应当依法受理：(一)承包合同纠纷;(二)承包经营权侵权纠纷;(三)承包经营权流转纠纷;(四)承包地征收补偿费用分配纠纷;(五)承包经营权继承纠纷。
