1、征地面积的计算通常对线路穿越鱼塘的征地面积，一般按水面有形物体的表面积掌握，包括道线、辅路、防浸护堤等，面积直观可确定，但直观所反映的并不是占地的实际。由于鱼塘是立体结构，线路征地所依托的并不是水面和水体，而是塘底，并且在以塘底为支撑实现水面通行中，必须砌筑坝体式基础，一般为安全稳固，多采用底角30°～45°的等腰梯形结构，从而改变了鱼塘的水体体积结构和水下通行结构，这种征地通过截面图直观、真实地反映出来。如果以坝体浮出水面的表面积作为征地补偿面积，显然是不能被养殖户接受。这种方式本身忽视了鱼塘立体结构、水体介质、坝体带来的容积和水位变化、水下养殖生产空间的变化，而解决水下空间的实体变化与水面表象关系必须建立一个合理的水下、水中、水面的转化关系，充分利用水体的可塑性的介质特点。
主要方法有两个，
第一种方法是借助地上建筑按各自用途的建筑面积分摊总建筑面积的比例作为分摊土地面积的比例系数的方法，将线路沉入式坝体占新形成的现状鱼塘容积的比例，作为分摊水面表面积的比例系数，将所得的面积作为征地补偿面积，即容积比例分摊法。这种方法尊重了水上、水下的工程环境、养殖环境的变化，充分利用了水体介质、浮力原理，从数量上解决了如何认识线路沉入式坝体及占地面积问题，能够被养殖户和征地单位所接受。这种方式的数学计算意义必须是梯形结构，而不是矩形结构。
第二种方法是直接以水下坝体的底面积向上投影至水面的投影面积作为占地面积。这种方法符合透视原理，利用鱼塘水深相对较浅，基底可视特点，将水下地表表面积隔水透射，空间换位，重新真实反映水下坝体实际占地情况。这种方法在清塘空底时更好解释，相当于以塘底作为占地的起点，符合鱼塘水体动态变化，具有附着物属性的特点，充分利用水体的透视反射特点，缺点是它没有充分利用水体整体性和介质性、变化性特点。
2、对部分征占鱼塘的补偿问题在一般情况下，建设项目都是整体征占鱼塘，多改造利用为绿化环境，部分征占主要是穿越、跨越式占地，借助鱼塘的空间或塘底作为支撑。以热电厂铁路专用线穿越鱼塘为例，其征地补偿不仅是表面性问题，涉及到塘底筑坝(基)、切割水体、机械振动、环境再造等一系列复杂问题。主要的技术性问题包括征地面积的计算、次生破坏的补偿等。当发现了污染严重的养殖密集区域后当地的人民政府也是会根据实际情况制定综合治理方案的，那么也是会将公民进行的养殖区域进行征收，那么在进行征收相关养殖场地后也是会给养殖的经营者造成一定的经济损失，所以国家为了补偿此类人群的合法权益也是需要支付补偿款项。
《中华人民共和国土地管理法》第四十七条征收土地的，按照被征收土地的原用途给予补偿。征收耕地的补偿费用包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费。征收耕地的土地补偿费，为该耕地被征收前三年平均年产值的六至十倍。征收耕地的安置补助费，按照需要安置的农业人口数计算。需要安置的农业人口数，按照被征收的耕地数量除以征地前被征收单位平均每人占有耕地的数量计算。每一个需要安置的农业人口的安置补助费标准，为该耕地被征收前三年平均年产值的四至六倍。但是，每公顷被征收耕地的安置补助费，最高不得超过被征收前三年平均年产值的十五倍。征收其他土地的土地补偿费和安置补助费标准，由省、自治区、直辖市参照征收耕地的土地补偿费和安置补助费的标准规定。被征收土地上的附着物和青苗的补偿标准，由省、自治区、直辖市规定。
