与土地承包经营权确权纠纷有关的问题有哪些目前农村土地管理中产权情况复杂.承包关系不明.权属争议较多等现象突出，盘根错节.相互交织，妨碍农村土地承包经营权的确权。综上所述，农村土地确权存在的问题有：
1.确定承包地的权利基础不牢固。在农村二轮土地承包中，少数农村干部承包政策不规范，执行不到位，在村民之间、集体主义和个人主义之间的关系是复杂的，土地所有权信息不清，致使部分《农村土地承包经营权证》发放不及时，在这一过程中，出现了“有地无地，无地多证，一地多地，没有土地”的现象，使得目前的确权工作变得更加困难。
2.农村土地承包经营权的确权纠纷不少。一些农村土地被多次轮换.建设用地占用耕地.农转非和婚丧嫁娶分户等人口变动造成的土地未动.农户间互换田块.地力肥厚的地区有些地方农民约定以村小组.自然村等为单位，“十二五”期间对承包地进行调整，造成了实际土地承包经营状况与土地确权发证情况不一致，存在着“增人不增地、减人不减地”、30年承包期、甚至更长时间的政策，很难解决实际需要。一部分承包地面积“人为缩小”.农民自己开荒耕地，需要确定“增加”土地承包权利人等引起的土地纠纷问题比较突出，协调利益困难。
3.核实工作工作量大，需要投入大量人力.财力。二次承包基本上都是用竹竿和皮尺传统方法进行测量，确权登记颁证要求测绘精确.程序规范，以GPS现场测量定位为主，甚至采用了航拍彩图、鱼鳞图测绘等现代技术，投资大；调查摸底.图像解释.制图.资料输入等工作流程，需要村民在场见证签字，实际问题的解决需要村民们多次召开会议，商讨，费时费力，村民和外出务工农民参与的积极性不高。
4.不可忽视农民的心理因素。首先，一些村民希望通过确权颁证来弥补土地面积的减损，原来一直没有解决的问题可以得到解决。第二，一些村民实际种植土地面积大于登记面积，希望在新一轮确权登记的基础上增加惠农补贴。三、有人担心自己因户籍迁出而在准予准许时失去土地。与此同时，有些别有用心的人，把农村土地确权发还工作中，大谈土地私有化，侵犯农村集体经济组织的利益。
《中华人民共和国农村土地承包法》第五十一条因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡（镇）人民政府等调解解决。当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。第五十二条当事人对农村土地承包仲裁机构的仲裁裁决不服的，可以在收到裁决书之日起三十日内向人民法院起诉。逾期不起诉的，裁决书即发生法律效力。
