1.拆迁人与被拆迁人签订拆迁补偿协议后，被拆迁人拒绝搬迁或反悔的，拆迁人因此而起诉的，作为民事案件审理；
2.拆迁人和被拆迁人达不成拆迁安置补偿协议的，经当事人申请，由房屋拆迁管理部门裁决，当事人对判决不服的，作为行政案件处理。根据本规定，对这类案件的审理所适用的程序是统一的，但不从该纠纷的法律关系开始，而是以房屋拆迁当事人是否达成协议为标准进行划分。这样就形成了实体内容相同，但由于处理方法不同而强加区分的情形，混淆了房屋拆迁补偿纠纷应有的性质。
关于这一问题的争论，实质上是对以下三个方面的认识问题：1.房屋拆迁补偿纠纷当事人法律关系的界定；2.主管机关的裁决是否属于具体行政行为；3.最高法院(1996)12号批复有无异议之处。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十五条规定，房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。
