(1)税率的不同：一般纳税人适用的税率主要有17%、13%、11%、6%等几挡，而小规模纳税人现在一律适用3%的征收率;
(2)发票使用不同：一般纳税人销售货物可以开具增值税专用发票，购进货物可以取得增值税专用发票，而小规模纳税人销售货物的时候不能开具增值税专用发票;
(3)账务处理的不同：一般纳税人按价款部分计入成本，税款部分计入“应交税金—应交增值税—进项税额”账户，而小规模纳税人按全额进入成本;
(4)应交税金计算方式不同：一般纳税人按销项税额与进项税额的差额进项纳税，而小规模纳税人按照销售额乘以增值税征收率计算应交增值税税额。
《中华人民共和国增值税暂行条例》第十二条小规模纳税人增值税征收率为3%，国务院另有规定的除外。第二条增值税税率：（一）纳税人销售货物、劳务、有形动产租赁服务或者进口货物，除本条第二项、第四项、第五项另有规定外，税率为17%。（二）纳税人销售交通运输、邮政、基础电信、建筑、不动产租赁服务，销售不动产，转让土地使用权，销售或者进口下列货物，税率为11%：1.粮食等农产品、食用植物油、食用盐；2.自来水、暖气、冷气、热水、煤气、石油液化气、天然气、二甲醚、沼气、居民用煤炭制品；3.图书、报纸、杂志、音像制品、电子出版物；4.饲料、化肥、农药、农机、农膜；5.国务院规定的其他货物。（三）纳税人销售服务、无形资产，除本条第一项、第二项、第五项另有规定外，税率为6%。（四）纳税人出口货物，税率为零；但是，国务院另有规定的除外。（五）境内单位和个人跨境销售国务院规定范围内的服务、无形资产，税率为零。
