1、双方如果仅仅是同居关系，协议也仅仅是对于双方同居关系的规定，双方均没有配偶的同居关系并不是法律所调整和保护的关系，公证此类协议并没有相应的法律意义，并不属于公证的范围。
2、如果是对于同居期间的财产进行分割签订的协议，属于共有财产的分割问题，是允许公证的。
3、如果协议约定涉及到同居期间生育的子女的抚养问题，应当参照最高法关于离婚案件中子女抚养问题的相关规定，对于子女抚养问题作出妥善处理，是允许公证的。一般来说，解除双方的婚姻关系，一定会涉及到双方的财产问题，在同居期间，双方的财产并不能单纯地认定为婚姻中的财产，仍属于个人财产，所以应该在解除双方关系时协商一致，公证并不是必须的，需要看个人的选择，但是公证可以增强双方协议的法律效力。
《公证法》第三十六条：经公证的民事法律行为、有法律意义的事实和文书，应当作为认定事实的根据，但有相反证据足以推翻该项公证的除外。
