补偿费、工作经费、用地管理费分开立帐、专款专用。各项费用由业主单位根据任务完成情况、工程进度拨付至市高速公路建设指挥部专户，市指挥部再拨付至各县(市、区)指挥部。土地征收补偿安置费用由各县(市、区)指挥部拨付至国土资源部门的“两费”专户，再支付给被征地集体经济组织。
房屋拆迁补偿安置费用由各县(市、区)指挥部直接支付给被拆迁户。政府在修建国道时的征地补偿应当按照土地的实际效益进行赔偿，在进行征地赔偿前，政府有关部门应当到所征收的土地地段进行实际考察，根据当地的实际发展情况作出明确的认定，如每平方米赔偿多少资金要进行明确。需要注意的是，在制订相关标准时一定要严格按照相关法律的规定来执行。
《中华人民共和国土地管理法》第四十八条
征收土地应当给予公平、合理的补偿，保障被征地农民原有生活水平不降低、长远生计有保障。征收土地应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用。征收农用地的土地补偿费、安置补助费标准由省、自治区、直辖市通过制定公布区片综合地价确定。制定区片综合地价应当综合考虑土地原用途、土地资源条件、土地产值、土地区位、土地供求关系、人口以及经济社会发展水平等因素，并至少每三年调整或者重新公布一次。
