在我国，农村第二轮土地承包合同纠纷属于民事案件的范畴，因而当当事人的利益受到不法侵害时，除了可以通过调解、仲裁的方式得到解决，也可以通过向法院起诉的方式来保障自身的权益。
《中华人民共和国土地管理法》明确规定“土地承包期延长30年”，超过一般债权法规定的20年最长租赁期限。如果以超过诉讼时效判决驳回登记承包人的诉讼请求，则登记载明的土地承包人与对土地实际占有、使用、收益及享有一定处分权的实际占有人不是同一人，这样土地长期会出现权利与实际的矛盾，而我国尚未建立取得时效制度，这种矛盾会导致土地承包经营权的流转无法进行。
