国家征用土地而不得不拆除农业大棚，肯定要进行相应的补偿，包括地上附着物补偿，青苗补偿及农民的安置补偿。但大棚房显然不在此之列。根据法律规定，如果要在农用地上进行非农业建筑的需要办理农用地转用审批手续，且禁止擅自在耕地上建房。
因此，这些原属于种植农作物的大棚没有经过审批，被拆迁人私自在大棚内建设房屋的行为明显是违法的，按照相关规定，这些已建成的“大棚房”属于违法建筑，应当予以拆除，一般是没有补偿的。近几年“大棚房”在不少地区都很普遍，有些地区的“大棚房”甚至涉嫌占用永久基本农田，跟国家对耕地的保护规定背道而驰。为此，农业部和自然资源部自去年就开始整治这些“大棚房”。
按照整治规定，以下三种“大棚房”是肯定会被拆除还原的：
(1)在农业大棚内违规建房;
(2)在农业园区内或耕地上建的私人住房;
(3)违规改建大鹏看护房。
《土地管理法》第三十六条非农村建设必须节约使用土地，可以利用荒地的，不得占用耕地；可以利用劣地的，不得占用好地。禁止占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等。禁止占用基本农田发展林果业和挖塘养鱼。《土地管理法》第四十四条建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。
