分两种情况：假如在批捕阶段，检察院批准逮捕，案件退回公安机关继续侦查；不批准逮捕，将案件退回公安机关变更强制措施；经审查认定不构成犯罪，退还公安机关撤销的案件；如为诉讼阶段；检察院审查案件后，认为犯罪事实不明，证据不足，公安机关补充侦查；认为其他涉嫌犯罪的嫌疑人或其他涉嫌犯罪的，应当合并起诉。在当前司法实践中，退回补充侦查的主要原因是检察院认为案件事实不明，证据不足，其中的证据不足包括对定罪证据存疑和对量刑证据存疑两种情况。
判罪证据存疑，是指怀疑犯罪嫌疑人所犯罪行的证据，如故意杀人案件，控告嫌疑犯杀人的证据不足；量刑证据存疑，是指怀疑与量刑相关的事实所存在的证据，例如在诈骗案件中，犯罪嫌疑人实施了欺诈行为，事实清楚，证据确实，充分，但证明欺诈数额的证据存疑。再者，检察机关怀疑犯罪嫌疑人有其他犯罪事实或怀疑案件有其他同案犯的情况，也会退回补充侦查，甚至为相关案件侦查争取时间，也可采取技术性退回补充侦查。
法律链接：刑事诉讼法第一百七十五条人民检察院审查案件，可要求公安机关提供法庭审判所需的证据材料；认为有可能存在本法第五十四条规定的以非法手段收集证据的情形，可请该委员会就证据收集的合法性提出说明。人民法院对案件进行审查，如需要补充侦查，可以退回公安机关补充侦查，或者自行侦查。对补充侦查的案件，应当在不超过1个月的时间补充侦查。补查以二次为限。人民检察院移送补充侦查完毕后，重新计算审查起诉期限。
在二次补充侦查中，人民检察院仍认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉决定。总之，检察机关批捕后退回公安机关进行侦查时，有两种情况可以发生；发生在逮捕阶段时，退回一起案件就意味着逮捕已不再继续；如果是在诉讼阶段，则是认为事实不明，证据不足，需要重新审查。
根据《刑事诉讼法》第九十条，人民检察院对于公安机关提请批准逮捕的案件进行审查后，应当根据情况分别作出批准逮捕或者不批准逮捕的决定。对于批准逮捕的决定，公安机关应当立即执行，并且将执行情况及时通知人民检察院。对于不批准逮捕的，人民检察院应当说明理由，需要补充侦查的，应当同时通知公安机关。
