第一，犯罪主体不同。腐败犯罪的主体是国家工作人员或受国有单位委托，经营国有财产的人。但是贪污犯罪的主体只能是国家工作人员。即贪污犯罪的主体范围大于侵占罪。
其次，二者主观故意的内容不同。贪污犯罪的主观故意是对公共财产的非法占有，不准备归还；而贪污犯罪的主观故意则是对公款的暂时占有和使用，有意于日后归还。二者主观故意内容不同。贪污犯罪的主观故意是对公共财产的非法占有，不准备归还；而贪污犯罪的主观故意则是对公款的暂时占有和使用，有意于日后归还。对挪用公款是否转化为贪污，应根据主客观相一致的原则，具体判断并认定主观上是否有非法占有公款的目的。
第三，二者的行为方式不同。贪污犯罪的客观表现是以侵吞、盗窃、诈骗等手段对公物进行占有。贪污犯罪的主要表现是擅自使用单位公款，尽管有时也使用一些欺骗手段，但一般都不采用侵吞、偷窃、骗取手段。贪污犯罪客观上表现为利用侵吞、盗窃、诈骗等手段占有公物，因行为人经常采取销毁、涂改、毁损、弄虚作假文件、账目和其他方法，因此，在现实生活中很难发现公物已被非法侵吞；而侵占罪则表现为擅自使用本单位公款，尽管有时候也采取了一定的欺骗手段，但是一般不采用侵吞、偷窃、诈骗的方法。对于侵吞公款的案件，行为人往往会在帐面上留下痕迹，甚至还会留下借据，因此，通过查账就可以发现公款被挪用。
第四，侵犯的对象不同。这两类犯罪虽然侵犯了公有财产权利，但是侵害程度不同，社会危害也不同。贪污犯罪侵犯了占有、使用、收益、处分等公物所有权上的所有权力，而侵占罪仅侵犯了公款的占有、使用、收益的权利。贪污罪与侵占罪的核心区别是行为人主观上是否具有非法占有公款的故意和目的。根据我国有关法律的规定，针对贪污犯罪和挪用公款罪，我国的处理都十分严厉。而且现在正在加大，对于贪污犯罪和挪用公款犯罪，因为这两项相关罪名对国有资产造成了巨大的危害。这种肆无忌惮地侵占国有资产，给国家和人民带来很大损失。这将极大地影响政府的财政收入。
《中华人民共和国刑法》第三百八十四条国家工作人员利用职务上的便利，挪用公款归个人使用，进行非法活动的，或者挪用公款数额较大、进行营利活动的，或者挪用公款数额较大、超过三个月未还的，是挪用公款罪，处五年以下有期徒刑或者拘役;情节严重的，处五年以上有期徒刑。挪用公款数额巨大不退还的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑。挪用用于救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物归个人使用的，从重处罚。
