(一)问题：国家工作人员的合法收入是如何计算非法所得数额的依据。国家机关工作人员的合法收入，应包括国家工作人员工资、奖金、国家发放的各种补贴、本人劳动所得、亲友馈赠以及依法继承的财产。非法定收入按国家工作人员的财产或支出与合法收入之差额计算。在计算非法所得的时候，应当从合法收入中扣除，只计算差额部分。在能够证明财产来源合法且已证实属实的情况下，作为本人的合法收入；如果行为人无法证明财产的来源合法，则应扣除其合法收入的差额部分，即为非法所得，其行为构成巨额财产来源不明罪。
(二)巨额财产来源不明罪与贪污罪的界限：巨额财产来源不明罪与贪污、受贿罪有密切关系，许多巨额财产来源不明即为未经查证的贪污罪和受贿。而巨额财产来源不明罪作为一个独立的罪名具有其自身的犯罪构成。贪污罪和受贿罪的犯罪主体在范围上要大于巨额财产来源不明罪，除国家机关工作人员外，还包括国营、企业、事业单位其他经手管理公共财产的人员以及依法执行公务的人员。
就客观方面而言，巨额财产来源不明罪只要求犯罪人拥有大量财产，且行为人无法说明，司法部门无法确定其来源即可。这就是说，犯罪人拥有来源不明的巨额财产，既有贪污、贿赂，又有走私、贩卖毒品、偷窃、诈骗等行为，这一切都不会影响构成巨额财产来源不明罪。
国库人员的财产或支出明显超过合法收入，差额巨大，无法说明其来源是否合法，有可能涉嫌犯巨额财产来源不明罪。如果犯罪人的财产并未“明显”超过合法收入，则本罪不成立。此外，本罪的主体是特殊主体，即国家工作人员，这与一般人或国家机关工作人员有区别，对此，要严格把握。
《刑法》第三百九十五条巨额财产来源不明罪国家工作人员的财产、支出明显超过合法收入，差额巨大的，可以责令该国家工作人员说明来源，不能说明来源的，差额部分以非法所得论，处五年以下有期徒刑或者拘役；差额特别巨大的，处五年以上十年以下有期徒刑。财产的差额部分予以追缴。国家工作人员在境外的存款，应当依照国家规定申报。数额较大、隐瞒不报的，处二年以下有期徒刑或者拘役；情节较轻的，由其所在单位或者上级主管机关酌情给予行政处分。
