一是没有房产证。这是最大的问题，不受法律的保护。这类住房是建在集体土地上的，不允许对外销售，没有法律保障。也就是说，购买这样的房子拿不到国家发给的产权证。这是由国家的法律和土地的使用性质所决定的。二是拆迁难补偿。购房者虽然双方签有购房合同，但却属无效合同。小产权房除了不能办理房产证外，还是违章建筑，有被拆除的危险，业主也得不到安置补偿。三是质量难保证。房屋质量没人监督，一些开发商为赚钱会偷工减料，存在安全隐患。这类房屋一般由土地所在村开发，除了房屋质量和房屋售后保修难以保证以外，入住后的物业管理也极容易出现问题。四是配套不完善。这些房子几乎都没有暖气、天然气等配套设施。而且将来一旦出现纠纷，可能连水电都没有。五是遗赠也麻烦。由于缺乏产权，未来在遗产继承时也会遇到许多麻烦。借新农村建设、旧村改造名义，是“小产权房”目前普遍的运作模式，具有打擦边球的性质。一位业内人士还透露，因为没有办理相关手续，所以这种房子房价一般都很低，有些开发商是“打一枪换一个地方”，一旦清盘，兑现不了承诺马上撤离，后续引发的许多麻烦都甩给购房者。事实上，判定公益拆迁的这个问题也很简单，那就是看拆迁了之后是要用这块土地做什么事情的，如果是盖房，修好了以后卖楼的，很明显属于商业拆迁，假如拆迁的目的是修高铁的，高铁是便于我们出行的，当然属于公益拆迁了。
《城市房地产管理法》第63条，经省、自治区、直辖市人民政府确定，县级以上地方人民政府由一个部门统一负责房产管理和土地管理工作的，可以制作、颁发统一的房地产权证书，依照本法第六十一条的规定，将房屋的所有权和该房屋占用范围内的土地使用权的确认和变更，分别载入房地产权证书。
